Восьмидесятые-девяностые годы были годами, когда на историческую арену стал подниматься русский рабочий класс. В России начинают возникать первые социал-демократические группы и кружки.
В начале девяностых годов рабочее движение усиливается. Учащаются стачки. Растут и крепнут социал-демократические организации. Год от году выступления рабочих становятся все более организованными. На подъем революционного движения правительство отвечает жесточайшими репрессиями. Расправляясь с революционерами, царские слуги усиливают гонения на все передовое, свободомыслящее, независимое.
Принципы, которыми руководствовалась администрация в своем отношении к профессуре, четко были сформулированы министром народного просвещения графом Деляновым: «Лучше иметь на кафедре преподавателя со средними способностями, чем особенно даровитого, которые однако, несмотря на свою ученость, действуют «на умы молодежи растлевающим образом».
Реакционеры начинают травить друга Александра Григорьевича — великого русского ученого Климента Аркадьевича Тимирязева. Черносотенный публицист князь Мещерский пишет о статьях Тимирязева, пропагандирующих материалистическую биологию: «Профессор Петровской академии Тимирязев на казенный счет изгоняет бога из природы».
«В этих словах, помимо доноса, — писал Тимирязев, — заключалась и фактическая ложь. Ни одной строки Тимирязева в царской России не было издано на казенный счет».
Целая серия доносов на Тимирязева идет в министерство народного просвещения. В 1892 году реакционеры празднуют победу: неблагонадежного профессора Тимирязева, друга передового студенчества, увольняют из Петровской академии.
В борьбе, с прогрессивными деятелями науки министерству народного просвещения помогали и люди, именовавшие себя учеными. Были свои люди у министерства и в среде профессуры Московскою университета.
«Министерскую группу» — так называли университетских приспешников реакции — возглавлял ректор, профессор римского права Боголепов. Бездарный ученый, но способный, беззастенчивый карьерист, Боголепов впоследствии выслужился до поста министра народного просвещения. На этом посту он снискал себе всеобщую ненависть студенчества, в частности своим гнусным распоряжением об отдаче неблагонадежных студентов в солдаты. В 1901 году Боголепов был убит студентом Карповичем, возмущенным этим приказом министра.
Достойным товарищем Боголепова был математик П. А. Некрасов, сменивший потом Боголепова на посту ректора. Поставив Некрасова во главе университета, правительство не ошиблось в своем выборе. И когда по истечении своей ректорской деятельности он обратился с просьбой об отставке, Александр III приказал оставаться ему на своем посту. Выслуживаясь перед правительством, Некрасов доходил до того, что даже математику пытался превратить в орудие прославления самодержавия. В своих книгах по теории вероятности Некрасов преподносил читателям выведенную им формулу, математически «обосновывающую» незыблемость и святость царской власти, развивал бредовый «научный» анализ построенного им «священного треугольника», вершинами которого являются царь, синод и наука.