Столетов в своем втором письме разбивает жульническую аргументацию Боголепова.
«Я не предоставляю моих научных снарядов в бесконтрольное распоряжение студентов, — писал Столетов, — но этот запрет не распространяется на дополнительные добросовестные занятия студентов в лаборатории. Как ни ценна упомянутая истина о пользе форм и порядка, надо, чтобы она не заслоняла собой вещей более крупных.
В математике есть правило, что бесконечно малое пренебрегается перед конечным, бесконечно малое высшего порядка перед бесконечно малым низшего порядка. Это считается не только позволительным, но и обязательным: иначе результат может выйти путанный и неверный. Правило это должно иметь силу не в одной только математике, но и во всех сферах мысли и деятельности. Уж кажется аккуратный народ — немцы, а у них на эту тему есть особая пословица «из-за деревьев не видеть леса». Мне казалось, что это золотое правило не всегда соблюдается в наших университетских делах и отношениях: энергия лиц и учреждений тратится иногда на сравнительно неважное к неизбежному ущербу задач существенных».
Не прошло и нескольких месяцев после истории с дополнительными лекциями, как Столетову снова пришлось столкнуться с университетским начальством.
В 1891 году в России был страшный неурожай, и в следующем году цены на хлеб возросли вдвое. Низкооплачиваемые служащие университета, получавшие в месяц всего лишь 6 рублей, очутились в катастрофическом положении. Оно усугубилось еще тем, что в том же году ректор запретил женам университетских служащих подряжаться стирать белье, запретил работу, которая была им немалым подспорьем. Летом 1892 года один из служащих умер от голода.
Узнав об этом трагическом случае, Александр Григорьевич созвал совещание профессоров физико-математического факультета. Всех профессоров факультета ему собрать не удалось, так как были каникулы. На этом частном собрании было решено созвать экстренное совещание всего факультета. Была создана комиссия по вопросу о вознаграждении служащих вспомогательными средствами физико-математического факультета. Комиссию возглавил Столетов.
Детальнейшим образом исследовав сложившееся положение, Столетов выяснил, что и сторожа и дворники давно уже получили прибавку и лишь служащие при лаборатории остались на прежнем окладе. Комиссия, в которую вошли профессора В. В. Марковников, Н. Е. Жуковский, К. А. Тимирязев, А. П. Павлов, М. А. Мензбир, В. К. Церасский и В. И. Вернадский, обсудив все вопросы, составила протокол, в котором говорилось:
«а) что, за крайне немногими исключениями, служители учебно-вспомогательных учреждений вознаграждаются гораздо менее, чем дворники университета;