Анализ боевого применения авиации в этот период показал недостаточное управление, в том числе планирование боевых действий в сложной обстановке — при активном противодействии ПВО Грузии. Опыт Чечни, Афганистана и Югославии был либо недостаточно изучен, либо начисто забыт. Силы оперативной радиотехнической разведки были выделены из состава ВВС и переданы в непосредственное подчинение ГРУ ГШ, которые фактически не оказывали помощи разведке ВВС. Не имея достоверных данных о расположении активных средств ПВО Грузии и организации управления ими, ВВС вынуждены были действовать на свой страх и риск. Это стало основной причиной боевых потерь нашей авиации.[122] Но даже в этих условиях российские средства радиотехнической разведки РЭБ ВВС уже в первый день военных действий выявили в районе Гори и Тбилиси действия ЗРК «Оса» и «Бук». Если летчики авиационной группировки, хорошо освоили район боевых действий и полеты в горных условиях, то экипажи вертолетов других объединений, переброшенные в район боевых действий, не были подготовлены к выполнению полетов в условиях горной местности, в связи с чем выполнение ими боевой задачи было сопряжено с риском потери экипажа. Кроме того, вертолеты Ми-8смв-пг не были оснащены средствами индивидуальной защиты, в том числе от ПЗРК. Средства РЭБ самолетов и вертолетов, планируемых к боевому применению на территории Грузии, не в полной мере отвечали требованиям по обеспечению защиты от средств ПВО. Кроме того, учитывая гористую местность, прикрытие самолетами и вертолетами РЭБ боевых порядков ударной авиации из зон постановки помех на всем протяжении маршрута полета было просто невозможно. Также необходимо было учитывать малое работное время ЗРК «Бук» и возможные модернизации по включению в состав ЗРК средств целеуказания по инфракрасным и ультрафиолетовым излучениям и оптикоэлектронного наведения.
Основными недостатками в организации боевых действий Вооруженных сил России были недооценка возможностей противника, привычка действовать по шаблонам, упрощенное отношение к планированию боевых действий, непонимание важности защиты самолетов и вертолетов, жизни экипажа, места и роли радиоэлектронной борьбы в общей системе боевого обеспечения, отсутствие детального анализа информации о системе ПВО ВС Грузии, невозможность оперативного применения постановщиков помех для обеспечения прикрытия ударной авиации из-за их отсутствия на ближайших аэродромах; шаблонность в применении ударной авиации: в первые двое суток операции полеты ударной авиации выполнялись строго по намеченным маршрутам с оптимальным распределением эшелонов в целях безопасности полетов, на скоростях, не превышающих 800 км в час (для повышения точности бомбовых ударов), и на высотах, входящих в зону поражения неподавленных РЭС ЗРК ПВО Грузии.