В начале 1613 года сольвьгчегодские укрепления братьев испытали жестокую и упорную осаду со стороны литовцев; именно в январе литовцы (сольвычегодский летописец говорит, что то были «черкасы» и русские под видом литовцев) в числе 3000 человек напали на Сольвычегодск; жители последнего, чтобы удержать неприятеля, на протяжении нескольких верст порубили на реке лед, а в городе поставили пушки. Принятые меры, однако, особенной пользы не принесли, и произошедшая 22 января схватка кончилась полным поражением сольвычегодцев, которые после этого поспешили запереться в «ограду», т. е. небольшую крепостцу, принадлежавшую Строгановым. Здесь над ними принял начальство Андрей Семенович, которому сильным пушечным огнем удалось принудить неприятеля к отступлению. Крепостца осталась невредимой, но остальная часть города значительно пострадала и подверглась грабежу.
Избранный в 1613 году на царство Михаил Федорович грамотой от 30 июля 1614 года подтвердил в полной силе все прежде дарованные Строгановым земли и льготы, а 15 сентября следующего года пожаловал братьям «пустые места» вверх по Каме, от реки Ошана до реки Тулвы, протяжением на 35 верст и площадью в 163 280 десятин, в вечное владение, с правом ставить остроги и варить соль и с десятилетней льготой от платежа всяких повинностей. За год до этого Андреи и Петр Семеновичи, с одной стороны, и их двоюродный брат Максим Яковлевич, с другой, поделили на равные части оставшийся после раздела 1584 года в общем владении небольшой участок с железной рудой. В 1616 году они вместе» с тем же Максимом Яковлевичем и Никитой Григорьевичем Строгановыми, во главе значительного отряда из своих и наемных людей, разбили возмутившихся татар, которые, соединившись с черемисами, вотяками, башкирами и другими инородцами, напали на Казань, Оссу и Сарапул и грозили опустошить и разграбить строгановские вотчины.
В 1624 году братья вновь получили от царя Михаила Федоровича подтвердительную грамоту на все прежние владения и льготы, в числе последних особенно существенны: право не быть судимыми на местах, а лишь в Москве, в день Благовещенья, затем право «не быть у веры», т. е. при присяге взамен себя ставить своих людей, наконец, свобода от всяких местных налогов и государственных платежей не местным сборщикам, а непосредственно в московские Казанский и Мещерский дворцы или приказы.
Денежную помощь братья оказывали и Михаилу Федоровичу, который на них за их заслуги и богатство смотрел даже как на особое исключение среди подданных государства. Так, например, когда в 1633 году по всей стране были разосланы чиновники с требованием от всех, «никого не обходя, с животов пятую часть на укрепление государства и на дачу жалованья ратным людям», одни Строгановы составили исключение из этого правила. Взамен этого Михаил Федорович 14 марта 1633 года послал к ним особую грамоту, в которой сообщал, что он, «их жалуючи», к ним для «сбору пятинных денег послати есми никого не велел, а велел писати», чтобы они, «памятуя Бога, для избавления от врагов, на жалование ратным людям» прислали денег «по их соизволению, токмо неоскудно и не пощадя себя, как и прежде сего давали». «И тою дачею, — заканчивается грамота, — не нам (государю), а самому Богу в руки дадите, для избавления от наших христианских врагов, от польских и литовских людей». Известно, что братья отозвались на эту грамоту посылкой «многотысячной суммы». В противоположность другим подданным, которые пятинные деньги давали как общую повинность, Строгановым за их взнос были обещаны особые милости. В начале 1639 году Андрей и Петр Семеновичи еще более расширили свою часть владений, выкупив заложенные их племянником, Иваном Максимовичем, имения и часть их присоединив к своим.