Первые годы Строганов жил преимущественно в Нижнем Новгороде, где им была заложена соборная церковь Пресвятой Богородицы, за которой сохранилось название «Строгановской» (окончена при жене его, в 1719 году); в 1703 году он переселился в Москву. Как из Новгорода, так и из Москвы он почти ежегодно ко времени отправления караванов с солью ездил в свои пермские владения, пользуясь этими побывками для надзора за ведением хозяйства. Последнее он не только привел в лучшее и более «прибыточное» состояние, чем оно было при его предках, но и значительно расширил главную и наиболее доходную часть его — солеварение, построив новые и исправив старые соляные варницы. От выварочной соли, которую Строганов продавал как на месте ее производства приезжим купцам, так и в Нижнем Новгороде, он получал громадные прибытки, пока продажа производилась совершенно свободно. Но в 1705 году была введена государственная монополия на соль, и по Высочайшему указу весь добытый продукт Строганов обязан был представлять в Нижний Новгород и продавать исключительно в казну. Согласно договору, заключенному между ним и думным дьяком Автамоном Ивановым, казна уплачивала по 5 копеек с пуда соли да по 4 копейки за провоз ее до Нижнего. Плата была достаточная, и хотя новый порядок значительно урезал прежние доходы Строганова, все же он с ним примирился. Случилось, однако, несколько раз, что подрядчики, развозившие соль уже из Нижнего вверх и вниз по Волге и ее притокам, в большинстве оказались неисправными, вследствие чего казна отказалась от их услуги и всю эту доставку предложила Строганову. Указные провозные цены за перевозку были настолько незначительны, что Строганову грозил несомненный убыток, и он это предвидел, но, ввиду отношений к нему государя, предложение принял. Расчеты его вполне оправдались — он нес значительные убытки, особенно когда «по некоторым наветам и другим обстоятельствам» из поставочной указной цены, и без того низкой, «учинена была убавка». По расчетам некоего безымянного историка рода Строгановых, Строганов получал меньшую попудную плату, чем в свою очередь платил мелким подрядчикам. Однако он «нанесенную ему обиду до будущего рассмотрения сносил терпеливо».
Характерно для своего времени отношение Строганова к своим крепостным — мягкое и внимательное. В предписании его от 12 июля 1706 года чусовским приказчикам говорится: «А всякие платежи с крестьян наших сбирать с великим рассмотрительством: на ком мочно все вдруг взять, и на тех всякие платежи имать что доведется, а кои скудные и заплатить вдруг нечем, и вам бы с них поборы имать в год и в два, а не вдруг, смотря по их исправе, чтоб крестьянам нашим от того тягости и разорения не было, понеже ныне стали великие государевы подати. Также смотреть накрепко, чтобы им ни от чего обид и тягости не было, и в обиду их и разорение никому не давать и во всем оберегать». В свою очередь, и он пользовался широкою популярностью среди населения Пермского края, даже у людей отпетых. Незначительное обстоятельство очень хорошо иллюстрирует эту популярность. Строганов имел обыкновение ежегодно весною посылать с людьми на Новоусольские промыслы значительные денежные суммы для расходов и расплаты с наемными рабочими. В 1712 году туда было послано 50 000 рублей, у Сольвычегодска к строгановским людям присоединился еще приказчик московского купца Евреинова с 10 тысячами рублей. Подымаясь на «стругах» по реке Келетме, посланные встретились со «славным вором» Коньковым, у которого была «воровская шайка» в 60 человек. Коньков после небольшой перестрелки, жертвою которой пало двое из строгановских людей, забрал остальных в плен и отнял все деньги. Узнавши, однако, что люди и деньги принадлежат Строганову, «славный вор» тотчас всех освободил, возвратил деньги, «весь шкарб до малейшей вещи» и заявил: «Нам ли батюшку нашего, Григория Дмитриевича, обидеть?» Деньги же Евреинова оставил у себя.