Конечно, основное содержание программ обучения оставалось традиционным, «гуманитарным». В них предусматривалось прежде всего изучение древних языков. Латинским языком, остававшимся языком европейской науки и международного общения ученых, Декарт овладел в совершенстве (латынь стала, можно сказать, вторым его родным языком). Много времени отводилось в коллегии изучению произведений древних писателей, освоению правил риторики. Все это занимало более пяти лет учебы. Три последних класса считались «философскими». В древности и в средневековье философия включала в себя совокупность как собственно философских, так и конкретно-научных знаний — метафизику, логику, этику, физику и математику. В философской традиции католицизма господствовал аристотелизм, как он был преобразован крупнейшим из средневековых учителей католической церкви Фомой Аквинским (важнейшим элементом такого преобразования стала теснейшая связь метафизики с теологией и даже подчинение ее теологии). Физика в основном сводилась к аристотелевско-схоластическим умозрительным рассуждениям о природе. Важнейшей новацией, введенной иезуитами в программу обучения в коллегии Ла Флеш, было довольно интенсивное изучение математических дисциплин. Это прежде всего геометрия и арифметика, главным образом в том их содержании, которое было изложено в Евклидовых «Началах», тогда уже хорошо известных и обработанных некоторыми математиками XVI в. в целях преподавания. Вместе с математикой в коллегии преподавались и такие прикладные науки, как фортификация и навигация, поскольку некоторые ее выпускники шли затем на военную службу. Весь этот цикл привлек особое внимание юного Декарта, обладавшего большими математическими способностями.
Многим обязанный своему образованию в коллегии, Декарт тем не менее был недоволен общим характером здешнего обучения, несмотря на новации иезуитов остававшегося в основе своей схоластическим. Стараясь преодолеть недостатки полученного образования, он продолжил учебу. Так, уже вскоре после окончания коллегии, в 1615–1616 гг., Декарт изучал право и медицину в университете города Пуатье и, сдав экзамены, получил степень бакалавра права. В дальнейшем, оказавшись в Голландии, он в 1629 г. записался в университет во Франекере как «студент-философ», а в 1630 г. — в Лейденский университет как «студент-математик». Но университетское образование не играло значительной роли в духовном развитии Декарта, ибо и в университетском преподавании преобладали схоластические идеи, концепции, теории. Свое отношение к ним философ выразил в сочинении «Рассуждение о методе», в котором он сообщает читателю некоторые важнейшие факты своей биографии. В конце I части Декарт пишет, что многие стороны книжной науки разочаровали его еще в коллегии.