Тем не менее странное стечение обстоятельств, связанное со смертью «Ларка», заставило внутреннюю контрразведку КГБ провести тщательный анализ всех этапов работы Калугина за рубежом, в том числе поднять дело агента «Кука» (1958 год).
Анатолия Кудашкина, вернувшегося на Родину и ставшего сотрудником Института мировой экономики и международных отношений (ИМЭМО) Академии наук СССР, директором которого в 1983 году будет назначен Александр Яковлев, взяли в разработку контрразведчики УКГБ по Москве и Московской области. Под предлогом пресечения спровоцированной самими же чекистами сделки, включавшей валютные операции, скупку и попытку вывоза за рубеж художественных ценностей, «Кук»-Кудашкин был арестован, а потом и осужден.
Причём инициатором изоляции «Кука», судя по всему, выступил ставший в 1978 году заместителем председателя КГБ СССР Владимир Крючков, который, опасаясь, что показания Кудашкина в отношении Калугина чреваты разоблачением и его самого, решил с помощью ничего не подозревавшего начальника Московского УКГБ Виктора Алидина перевести проблему с агентом в криминальную плоскость. Олег Калугин, скрывая факт своего сотрудничества с ЦРУ, как и роль в этих событиях Владимира Крючкова, до сих пор продолжает утверждать: защищая тогда «Кука»-Кудашкина от ложных обвинений, он сам необоснованно оказался под подозрением, что поставило крест на его дальнейшей карьере во внешней разведке.
Следует заметить, что история с «Куком» произошла в тот момент, когда ещё не было завершено внутреннее расследование по факту другого эпизода, бросившего тень на начальника Управления внешней контрразведки ПГУ КГБ Олега Калугина, который своевременно не принял должные меры в отношении заместителя генерального секретаря ООН Аркадия Шевченко, отказавшегося в 1978 году после завершения своей служебной командировки в США возвращаться в СССР, хотя резидент КГБ в Нью-Йорке Юрий Дроздов и предупредил Калугина о готовящейся провокации. Позже выяснилось, что советский дипломат Шевченко работал на ЦРУ чуть ли не с 1973 года.
Предательство Шевченко сильно ударило по репутации Министра иностранных дел СССР и члена Политбюро ЦК КПСС Андрея Громыко, чьим личным помощником до своего нового назначения был перебежчик.
В итоге, председатель КГБ СССР Юрий Андропов в 1980 году переводит генерала Калугина из центрального аппарата КГБ в территориальное управление госбезопасности: для него специально создаётся вторая должность первого заместителя начальника УКГБ по городу Ленинграду и Ленинградской области, где он продолжает работать под покровительством Крючкова.