Навсегда прощаясь перед заключением в крепость с матерью, Вера получила от нее образок «Нечаянные радости». «Нечаянной радостью» Шлиссельбурга стала для Веры Фигнер дружба с Людмилой Волкенштейн: они были в крепости единственными женщинами. Когда узникам впервые разрешили дать бумагу, Вера стала писать стихи. Спустя много лет она описала эту радость иметь перед собой белый бумажный листик: «Обыкновенно люди не ценят ни здоровья, ни света, пока не лишаются их; не ценят и бумагу, которая в обыкновенной жизни всегда под рукой».
В свои именины Вера получила однажды стихотворное послание от Германа Лопатина:
Пусть ты под сводом могилы адской погребена,
Но ты и здесь любовью братской окружена...
Каждый год умирали товарищи. Лишь в 1901 году в Шлиссельбурге появился новый заключенный — студент Карпович, который стрелял в министра народного просвещения Боголенова, отдававшего студентов за университетские беспорядки в солдаты. Из его рассказов народовольцы поняли, что в России близка революция.
13 января 1903 года Фигнер объявили, что «государь император, внемля мольбам матери... высочайше повелел заменить каторгу без срока двадцатилетней». Срок ее кончался 28 сентября 1904 года. Первым чувством, охватившим Веру, было негодование: почему мать нарушила свое обещание не просить царя о пощаде для дочери? Через три дня пришло скорбное и объясняющее все письмо матери, где она прощалась: уже два раза ей делали операцию (рака — приписали сестры), три месяца она не встает с постели.
Теперь для Веры Фигнер время превратилось в пытку ожидания — застанет ли она мать в живых? Екатерина Христофоровна Фигнер скончалась 15 сентября, а 28 сентября ее дочь Вера навсегда покинула Шлиссельбург, ее перевезли в Петропавловскую крепость, где она увиделась после 20-летней разлуки с родными.
10 октября 1904 года поздно вечером ее брат Николай Николаевич написал письмо своей возлюбленной, вскоре ставшей его второй женой: «Несмотря на распухшее горло, я в час поехал с братом и сестрами в Петропавловскую крепость... Я увидел впервые после двадцати шести лет мою сестру, не описать того, что я чувствовал. Все время меня душили слезы... Свидание длилось три часа, и чем более я говорил с Верой, тем более она становилась передо мной под каким-то недосягаемым ореолом — чуть не святой женщиной. Сколько самой нежной ласки во взгляде и разговоре. Никакого озлобления. Свежий, деятельный ум и взгляд... Одним словом, я был прямо и очарован и поражен! Рядом с радостью видеть всех нас — полна грусти, что не все товарищи прощены и выпущены! Не может только слышать, чтобы произносили слова «мамаша»,— сейчас же начинает плакать»