Игумен Филипп на свои средства соединил Святое озеро с 52 другими озерами; по его указанию насельники монастыря и трудники рыли каналы, устраивали водопровод и водяные мельницы. Была проложена целая сеть удобных дорог, построены деревянные и каменные склады и кельи. Были на островах скотный двор и кузница, где не только ковались необходимые орудия труда, но и развивалась художественная ковка, где делали, например, решетки, замки.
Построенная Филиппом каменная корабельная пристань – самое старое из сохранившихся до наших дней такого рода сооружений России. На кирпичном заводе применялись различные технические новшества: кирпич и известь поднимались специальными блоками (ворот приводился в движение лошадьми). Различные усовершенствования были осуществлены в мукомольном и сушильном деле, в веянии зерна и разливке знаменитого соловецкого кваса. Квас, к примеру, при Филиппе стали подавать в погреб по трубам и по трубам же разливать в бочки. Один старец и пять слуг делали эту работу, в которой ранее участвовали вся братия и «слуги многие».
Каменные дамбы ограждали садки для разведения рыб. Из шкур животных в монастыре шили нарядные и прочные одежды.
Рачительными хозяевами соловецкие монахи были не только при Филиппе Колычеве, а сам Филипп вошел в историю не только (и не столько) как разумный и справедливый настоятель. Ему пришлось бороться как с неуступчивой северной природой, так и со злодеяниями светской власти. Напомним: в 1566 г. царь Иван IV вытребовал соловецкого игумена в Москву, предложил ему митрополичью кафедру; после долгих переговоров Филипп согласился и, став предстоятелем русской Церкви, неустанно обличал беззакония, творившиеся опричниками. Обличения и попреки в конце концов вывели Ивана Грозного из себя, и царь вынудил епископов отстранить от дел – вопреки правилам – непокорного митрополита (1568). В 1570 г. Филипп, заточенный в Тверском Отроче монастыре, был убит.
В 1652 г. мощи Филиппа были перевезены в Москву, установлены в Успенском соборе; перевозил мощи будущий патриарх – новгородский митрополит Никон, сам в прошлом соловецкий постриженник. Именно Никон вложил в ладонь покойного митрополита-мученика собственноручную грамоту царя, в которой Алексей Михайлович просил прощения у Филиппа за Ивана Грозного. «Это был важный политический акт, в котором государь перед лицом всего народа открыто и торжественно отрекался от кровавого террора, применявшегося в управлении страной Грозным, и обещал за себя и своих потомков никогда не повторить прошлого», – подчеркивал академик Д. С. Лихачев.