С Соловецким монастырем связаны многие страницы русской военной истории. Впервые военная угроза монастырю возникла в 1571 г., когда у острова появились шведские корабли. На помощь монахам Москва прислала четырех пушкарей, стрельцов, сто ручниц, пять затинных пищалей (т. е. пушек). Из Вологды тоже прибыли пушкари, привезли четыре пищали, запас ядер и пороха.
Начальником крепости стал игумен, державший военный совет с присланным из Москвы воеводой Михаилом Озеровым. Монастырь выстоял, хотя в бою со шведским десантом стрельцы были разбиты, а воевода погиб. Новых ратников обучал и новые крепостные сооружения возводил уже другой воевода – Киприан Аничков, успешно отбивший в декабре 1580 г. нападение трехтысячного шведского войска.
Правление Ивана Грозного – время дальнейшего укрепления оборонительных редутов монастыря, строительства острогов на материке. А уже в 1582–1584 гг., при Федоре Иоанновиче, началось строительство вокруг Соловецкого монастыря каменной стены, способной выдержать сильную бомбардировку. Строительство это велось на средства монастыря.
Монастырь-государь, как его называли, ведал обороной русского Севера, наблюдал за тем, чтобы карельские и иные племена «жили за государем неизменно», а потому и льготы монастырю давались исключительные. Светская же власть, особенно в годы правления Ивана Грозного, не только снабжала Соловки порохом, пищалями и ядрами, но и жертвовала в монастырь деньги, церковные ценности, иконы и книги.
Иконное собрание монастыря начало складываться в XV в. Первые иконы, по преданию, были завезены на острова Савватием, а в 1487 г. игумен Досифей написал образ Савватия и Зосимы. На протяжении XV–XVI столетий в монастырь поступило множество икон, пожертвованных князьями, царями и митрополитами. В ризнице монастыря хранились среди других и лики, данные вкладом от игумена Филиппа: «Одигитрия» и Деисус на трех досках.
Сохранились сведения, что Филипп приглашал «художных мастеров из Новаграда», которые написали многие иконы для Преображенского собора, церкви Зосимы и Савватия и других храмов. Приглашали, как предполагают специалисты, и московских мастеров. Работали мастера на Соловках подолгу, обучали своему мастерству монахов; так постепенно утвердилась в монастыре своя иконописная школа (палата). Простым иконописцем в этой палате начинал и будущий патриарх Никон.
Соловецкая иконописная школа в основном сохраняла традиции Новгорода и Москвы. В духе этих традиций, своеобразно переплетавшихся в соловецком искусстве, созданы многие иконы. Широкую известность обрели, например, два лика, написанных мастерами XVI столетия: «Богоматерь Тихвинская» и «Богоматерь Камень Нерукосечной Горы».