После этого некто Мигель Альварес объявил себя диктатором Санта-Фе-де-Боготы и если не впрямую поддерживал роялистов, то был настроен весьма оппозиционно к республике Тунхи. Боливару и его солдатам было предназначено заставить Боготу подчиниться.
Боливар не был в восторге от того, что ему нужно воевать против тех, кого он называл «согражданами», но вынужден был согласиться. 12 декабря 1814 года, подойдя к окрестностям Боготы, он узнал, что на помощь Альваресу пришли испанцы. Три дня солдаты Боливара вели рукопашные бои в городе, сражались на баррикадах, стреляли из окон и с крыш домов. В результате выскочка Альварес и его приверженцы были выдворены из Боготы. Это был так необходимый сейчас Боливару триумф — он освободил один из самых красивых колониальных городов Латинской Америки.
Гумбольдт называл Боготу американскими Афинами. Она расположена в живописном горном амфитеатре. Правительство Тунхи переехало в Санта-Фе-де-Боготу, которая стала новой столицей республики. Теперь все бывшее вице-королевство Новая Гранада, исключая только порт Санта-Марта, все еще находившийся в руках роялистов, имело единое правительство.
Эта победа позволила Боливару частично восстановить былое уважение и престиж. Для человека, ввергнувшего страну в разрушительную гражданскую войну, пусть даже ради справедливой цели, Боливар бы поистине выдающимся оптимистом, хотя его оптимизм порой зиждился на самообмане. Возможно, он понимал, что только новые военные действия смогут спасти его репутацию после поражения в борьбе за независимость. Зрелость Боливара и его умение сдерживать себя произвели сильное впечатление на правительство Тунхи. Он вел себя спокойно и обдуманно, как человек, абсолютно уверенный в правоте своего дела. Никакие неудачи не могли заставить его отказаться от намеченной цели. Боливар был убежден в своей силе и в том, что только он способен вершить великие дела. Это было его самой большой ошибкой.
Боливар получил еще один титул — Миротворец. Номинально он являлся командующим армией Новой Гранады. Его направили в Картахену с задачей атаковать Санта-Марту. Ему дали две тысячи солдат, у которых, правда, почти не было оружия. Они должны были получить его в Картахене.
Армия Боливара отправилась вниз по реке Магдалене. Там капитаны Боливара казнили сначала шестнадцать пленных испанцев, а затем еще одиннадцать. Среди них оказался и священник-капуцин отец Корелья. Эту казнь использовал в своих целях давний враг Боливара Кастильо, командовавший войсками на севере. Узнав о приближении войск Освободителя, Кастильо снял осаду с Санта-Марты и вернулся в Картахену. Там он преследовал сторонников Боливара и даже заключил его сестру Марию Антонию под домашний арест. Мало того — Кастильо отдал приказ: войско Боливара должно остановиться в Момпосе.