Боливар тотчас обратился к Торресу, который теперь был президентом объединенной республики. Тот подтвердил статус Боливара как командующего войсками Картахены. Боливару не хотелось воевать со своими предполагаемыми союзниками, кроме того, у него не было для этого достаточного количества людей и оружия. В качестве примирительного жеста Боливар назначил Кастильо бригадным генералом и даже готов был оставить пост командующего, но Кастильо делал все, чтобы Боливар не вошел в Картахену. Когда солдаты Боливара заняли холмы Ла-Попа вблизи Картахены, они были обстреляны, а запасы питьевой воды отравлены. Массивные стены крепости, что защищала красивый порт Картахены, первоначально предназначались для защиты от английских пиратов. Они были пятидесяти футов в ширину, кое-где их высота достигала тридцати футов. У Боливара не было шансов преодолеть эти стены. И Кастильо, и Боливар понимали это.
Солдаты Боливара начали умирать от болезней. Предполагавшееся восстание в Картахене в его поддержку так и не состоялось. И у него оставался единственный выход: повернуть свои войска и начать военные действия против испанцев, прекратив распри с Кастильо. Через четырнадцать лет он скажет, что кое-что из того, что хотел, ему все-таки удалось сделать.
Но теперь Новой Гранаде угрожала большая опасность, чем ссора между возможными союзниками. Испанская империя готовилась нанести по восставшим колониям сильный ответный удар. После поражения Франции на испанский трон вернулся реакционно настроенный Фердинанд VII. Это с ним Боливар был дружен в юности. Пятнадцать тысяч испанских солдат, многие из которых имели серьезный опыт войны, были посланы усмирять мятежные колонии. В море вышли сорок два транспортных судна в сопровождении восемнадцати военных кораблей.
Узнав об этом, Боливар поступил весьма прагматично. Понимая, что победить такую армию разобщенными силами Новой Гранады невозможно, он подал в отставку и объявил о своей готовности немедленно отправиться в ссылку. «Если я останусь здесь, Новая Гранада распадется на части и гражданская война никогда не кончится. Моя отставка позволит сохранить единство страны. Так будет лучше». У Боливара не было желания соучаствовать еще в одной катастрофе. Его поступок, возможно, выглядел капитулянтски, но, несомненно, был разумным. После пяти месяцев противостояния Кастильо 9 марта 1815 года на английском корабле он отправился на Ямайку.
В насилии над жителями Венесуэлы были повинны не только испанцы, но и патриоты. Об их бесчинствах капеллан испанской армии Льямоса написал Фердинанду VII, особо напирая на расовую подоплеку деятельности Бовеса: «Он (Бовес) всегда повторял, что богатство белых должно принадлежать черным. Эти аргументы занимают главное место в его военных расчетах и системе управления». В результате военная тактика испанской армии, направлявшейся в Венесуэлу, была изменена: ей было предписано уходить от обострения расовых противоречий.