Защищая индейцев, церковь пыталась повлиять на законодательство. Однако в начальный период колониальных завоеваний ее обвиняли в подавлении религиозных верований коренного населения. Так называемые законы Бургоса, принятые в 1512 году, обеспечивали самоуправление индейцев на церковных землях. В 1537 году папа Павел III объявил индейцев полноценными людьми, достойными обращения в христианство.
Это поворотный момент в истории колонизации Латинской Америки. До сих пор испанцы относились к индейцам как к неполноценным людям. Не было ничего предосудительного в совращении индейских женщин (даже у Кортеса была индейская наложница), но дети, рожденные от таких связей, относились к более низкой, чем испанцы, касте метисов. Великий защитник индейцев священник Бартоломе де Лас Касас отстаивал их интересы в Европе, но в областях, не контролируемых испанской церковью, существовала колониальная система наказаний, репрессий, принудительного труда, грабительского налогообложения и рабства.
Испанцы принуждали индейцев работать в шахтах по схеме поочередного исполнения коллективных работ, которая называлась «мита» и была распространена в Древнем Перу. На шахтах индейцы зарабатывали в два раза меньше, чем в сельском хозяйстве. Их обязывали носить определенную одежду.
Индейцы могли получить образование только в гуманитарной области. Точным наукам их не обучали. Испанцы утверждали, что они обращались с индейцами менее жестоко, чем во времена древних империй майя, ацтеков и инков, но даже если сказанное правда, это не оправдывает жестокости испанцев по отношению к коренным жителям Америки.
Довольно долго церкви удавалось сохранять большое количество образцовых общин, в которых гуманно обращались с индейцами. В Чили монахи-капуцины основали подобные поселения для арауканских племен. Они успешно выполняли свою миссию в Новой Гранаде, особенно в бассейне Ориноко.
Значительным явлением стала иезуитская редукция, распространившаяся по границам современного Парагвая, Уругвая и Аргентины. Монахи-иезуиты селились вместе с индейцами. Это было церковное государство внутри государства. В сорока восьми иезуитских поселениях жили несколько сот тысяч человек. Иезуитские поселения были вполне жизнеспособны с экономической точки зрения и управлялись гуманными методами.
Однако через некоторое время эти поселения привлекли внимание бразильских работорговцев (бандейрантес), сумевших захватить больше половины индейского населения. Остальных иезуитам все же удалось спасти. Монахи спрятали индейцев в труднодоступной местности за водопадами Игуасу. Миграция продолжалась пять лет: с 1627 по 1631 год. Иезуитская редукция подкупала колониальную кастовую систему и бросала вызов политической мощи государства, поэтому ей оказывалось противодействие. В 1768 году после изгнания иезуитов из Испании редукция в Латинской Америке также стала сходить на нет. Великий эксперимент просвещенного управления в Испанской Америке закончился.