Еще печальнее обстояли дела на родине Боливара в Венесуэле. В стране росла дороговизна. Власти выслали всех канарцев и испанцев, в руках которых находилась торговля. Несмотря на освобождение крепости Пуэрто-Кабельо, в Венесуэле продолжала ощущаться атмосфера переднего края. В провинциях занимались грабежами и разбоем контрреволюционные банды, и Паэсу было столь же трудно справиться с ними, как в свое время испанцам с его отрядами. Сельское хозяйство находилось в упадке. Казна была пуста, служащим месяцами не платили жалованья.
Солдатам тоже не выплачивали денег. Пришлось многих отпустить по домам. Каждый из отпускников получал в качестве вознаграждения по нескольку лошадей и коров. Чтобы не возиться с этим добром, солдаты убивали скот, сдирали шкуру с убитой скотины и продавали ее. Количество скота в стране катастрофически сократилось — с 4,5 миллиона голов в 1812 году до 256 тысяч в 1823 году.
Бывшие участники освободительной войны, так и не получив земли (выданные им ранее аграрные сертификаты были давно скуплены ловкими дельцами), возвращались с пустыми руками в родные места, где их ждали голодные семьи и пепелища.
В конце 1825 года в Боготе были получены сведения: испанцы, сосредоточив большую армию в Пуэрто-Рико и на Кубе, готовят новое вторжение на Берег Твердой Земли. В связи с этим правительство Колумбии поручило Паэсу провести мобилизацию в народное ополчение. Мобилизация шла туго, и Паэс вынужден был, как и в прошлые времена, применить силу для набора ополченцев. Сантандер обвинил его через своих друзей в парламенте в незаконных действиях. Парламент постановил отстранить Паэса от власти и вызвать его в Боготу для объяснений.
Паэс отказался подчиниться. Его поддержали власти большинства провинций Венесуэлы. Вскоре Паэс был провозглашен верховным правителем Венесуэлы. Он заявил, что не признает правительства Колумбии, возглавляемого Сантандером, и что на первую же попытку применить к нему силу ответит военными действиями.
Боливар получил сведения об этих событиях с большим опозданием: письма из Боготы и Каракаса в Лиму шли месяцами. Сантандер требовал от Боливара примерного наказания Паэса, а последний просил отстранить Сантандера от власти. «Освободитель! — писал с возмущением Паэс. — Агенты годов, засевшие в Боготе, пытаются меня погубить. Я был так расстроен, что думал сжечь публично на площади все мои революционные мундиры, великолепные свидетельства моего несчастья, и сохранить только Ваш бюст, посланный мне Перуанской республикой, как доказательство чистосердечной дружбы к Вам и как знак признательности к перуанскому правительству».