В наградном листе есть такие слова: «Личный состав эскадрильи товарища Ракова сколочен и подготовлен для выполнения боевого задания. Задание по уничтожению самолетов противника на аэродроме Сантахами на эскадрильей выполнено на отлично…»
Великая Отечественная война застала В. И. Ракова слушателем Военно-морской академии, которую он окончил в феврале 1942 года. Его назначают командиром 2-й морской авиабригады, принимавшей участие в обороне Севастополя и Керчи.
В апреле 1943 года он прибыл снова на Балтику. Водит большие группы самолетов Пе-2 на бомбардировку артиллерийских батарей, укрепленных позиций, переднего края обороны и кораблей противника.
21 июля 1943 года группа пикирующих бомбардировщиков под командованием Ракова повредила железнодорожный мост через реку Лугу. На следующий день в деревне Келколово Василий Иванович накрыл бомбами командный пункт противника. А в повторном вылете его группа удачно поразила цель — железнодорожную станцию и эшелоны с живой силой. В последующем, вылетая по нескольку раз в день, бомбил вражеские батареи в районе Синявино. В дни снятия блокады Ленинграда в 1944 году Раков громил укрепленные точки, войска и технику противника.
С мая 1944 года Василий Иванович — командир 12-го гвардейского пикировочно-бомбардировочного авиаполка. Полк участвует в освобождении Карельского перешейка и Выборга, в освобождении Нарвы и Таллина, островов Финского залива. Полку присваивается наименование «Таллинский».
В связи с наступлением войск Ленинградского фронта на Карельском перешейке и операциями флота в Выборгском заливе противник усилил деятельность Своих военно-морских сил. База Котка стала главной маневренной базой, которую он усиленно укреплял, особенно средствами противовоздушной обороны, для чего в базу был переброшен крейсер противовоздушной обороны. Группе бомбардировщиков Ракова совместно с торпедоносцами под прикрытием истребителей было дано задание уничтожить крейсер.
16 июля 1944 года Раков, несмотря на сильный зенитный огонь, вывел группу на цель. Совместным ударом с торпедоносцами крейсер был потоплен.
22 июля 1944 года гвардии подполковник В. И. Раков награждается второй медалью «Золотая Звезда». Сам он и его подразделение продолжают храбро сражаться. Только за один день 16 сентября 1944 года летчики его полка потопили в военно-морской базе Лиепая три подводные лодки и два транспорта, а один транспорт повредили.
День Победы Василий Иванович встретил слушателем Академии Генерального штаба. После учебы в течение почти десяти лет служба на Тихом океане. Затем его переводят в Военно-морскую академию, где он преподает и занимается научной деятельностью.