В Иркутске, приняв под свое попечение монастырь, о. Иакинф одновременно становится ректором Иркутской духовной семинарии и членом консистории. Однако уже через год конфликт с местным духовенством и семинаристами, а также нежелание Иакинфа соблюдать строгие требования монастырского устава послужили причиной его отлучения от всех должностей и ссылки в Тобольский монастырь.
В тобольской ссылке Иакинф пробыл около двух лет. В это время готовилась к отправке в Китай очередная (девятая) Российская духовная миссия в Пекине, и Синод назначил главой этой миссии и архимандритом Сретенского монастыря, находившегося в столице Китайской империи, Иакинфа Бичурина.
Российская духовная миссия в Пекине была учреждена в 1715 г. по указу царя Петра I и призвана была поддерживать православие среди поселенных в Пекине русских пленных, захваченных китайцами при взятии крепости Албазин в 1685 г., и их потомков. Правившая в Китае Цинская династия проводила изоляционистскую политику и не допускала приезда в свою страну жителей других стран, поэтому духовная миссия в течение целого столетия была единственным представительством России в Китае. Для царского правительства она была также и единственным источником информации о дальневосточном соседе, через нее же поддерживались все отношения между двумя странами. Исключительно велико было значение Пекинской духовной миссии для развития русского китаеведения, монголоведения и маньчжуристики. Она явилась своеобразным университетом, откуда вышла целая плеяда крупных русских ученых-китаеведов (Иакинф Бичурин, Палладий Кафаров, В. Васильев и др. ); талантливых переводчиков китайской и маньчжурской литературы (З. сЛеонтьевский, А. Леонтьев, И. Рассохин), знатоков восточных языков, преподавателей, миссионеров, практических работников, менявшихся из поколения в поколение.
В этом же ряду мы можем назвать Антона Григорьевича Владыкина (1761-1811), по национальности калмыка ("из верноподданных торгоутов"), который, приняв крещение в Астрахани, окончил Троице-Сергиевскую семинарию по классу философии и был отправлен в Пекин в 1780 г. Он был первым русским маньчжуроведом-лингвистом, первым преподавателем, составившим словари и другие пособия по изучению маньчжурского языка, в том числе и первую маньчжурскую грамматику 3. Ученик А. Г. Владыкина Михаил Сипахов был включен в состав девятой духовной миссии под начальством Н. Я. Бичурина.
17 сентября 1807 г. Бичурин с новым составом духовной миссии пересек близ Кяхты тогдашнюю русско-китайскую границу. Первой страной, лежавшей на его пути, была Монголия. Первые яркие впечатления от пребывания в этой стране, личные наблюдения во время путешествия во многом способствовали пробуждению у Иакинфа интереса к истории монголов и легли в основу его будущих книг. 18 января 1808 г. он прибыл в Пекин.