В монастыре Иакинф провел 3 года и 2 месяца, занимаясь переводами и обработкой собранных в Китае материалов. Его друзья Е. Ф. Тимковский и П. Л. Шиллинг, известные ученые и дипломаты, служившие в Министерстве иностранных дел, воспользовались тем обстоятельством, что министерство испытывало острую потребность в переводчиках, хорошо владеющих китайским языком, и ходатайствовали об освобождении Н. Я. Бичурина из монастырского заточения. По докладу министра иностранных дел К. В. Нессельроде царь Николай I высочайше повелел "причислить монаха Иакинфа Бичурина к Азиатскому департаменту" указанного министерства для перевода официальных бумаг, поступавших из китайской столицы. Ученому было позволено переехать в Петербург и поселиться в Александро-Невской лавре. От Азиатского департамента ему ежегодно выплачивалось жалованье в размере 1200 руб. и кроме того выдавалось 300 руб. на учебные пособия.
Скромная келья Александро-Невской лавры стала кабинетом ученого, где он продолжил свои, научные изыскания. По слонам известного востоковеда, археолога и историографа Н. И. Веселовского (1848-1918), "с этого времени (1826 г. ) начинается его неутомимая литературная деятельность, изумлявшая не только русский, но даже и иностранный ученый мир". Немецкий ученый Ю. Клапрот, работавший в Париже, прямо высказывался, что "отец Иакинф один сделал столько, сколько может сделать только целое ученое общество".
Сохранился словесный портрет Н. Я. Бичурина, оставленный его биографом Н. Щукиным, близко знавшим ученого: "О. Иакинф был роста выше среднего, сухощав, в лице у него было что-то азиатское: борода редкая, клином, волосы темно-русые, глаза карие, щеки впалые и скулы немного выдававшиеся. Говорил казанским наречием на о; характер имел немного вспыльчивый и скрытный. Неприступен был во время занятий: беда тому, кто приходил к нему в то время, когда он располагал чем-нибудь заняться. Трудолюбие доходило в нем до такой степени, что беседу считал убитым временем".
В различных периодических изданиях Петербурга и Москвы появляются многочисленные статьи, критические обзоры, заметки и переводы (в том числе с французского языка), которые сразу же привлекли к себе внимание читающей публики обстоятельным характером суждений их автора о Китае, полнотой сообщаемых им сведений об этой стране. Находясь в ссылке в Валаамском монастыре, Н. Я. Бичурин завершил и подготовил к изданию целый ряд своих работ, написанных вчерне еще в Пекине. В 1828-1834 гг. вышли из печати восемь его книг "Описание Тибета в нынешнем его состоянии" (1828), "Записки о Монголии" (1828), "Описание Чжуньгарии и Восточного Туркестана в древнем и нынешнем состоянии" (1829), "История первых четырех ханов из дома Чингисова" (1829), "Сань-цзы-цзин или Троесловие, с литографированным китайским текстом" (1829), "Описание Пекина. С приложением плана сей столицы, снятого в 1817 г. " (1829), "История Тибета и Хухунора" (1833) и "Историческое обозрение ойратов или Калмыков с XV столетия до настоящего времени" (1834).