В то время писать для церкви означало подвергать себя определенным ограничениям, терпеть которые художники, все больше работавшие на частных лиц, не имели ни малейшего желания. Не следует забывать, что в ту эпоху религиозное искусство исполняло тройную функцию. Во-первых, это было воспитание и просвещение верующих, которые не имели иных средств для постижения азов веры кроме этих благочестивых образов. Во-вторых, живописные образы постоянно напоминали им о персонажах и событиях Священной истории. Наконец, в-третьих, церковная живопись вызывала у верующих чувство сопереживания со святыми образами, настолько сильное, что сцена несения креста могла заставить прослезиться.
Изображение сцены Благовещения во времена Леонардо да Винчи уже не было новшеством. Правда, обычно ее помещали на фоне архитектуры, подчеркивавшей драматизм этой сцены. Леонардо же изобразил этот сюжет в горизонтальном панно на фоне пейзажа, создававшего особое, прежде неведомое настроение. Геометрическая перспектива строится на изображении каменных блоков, образующих угол стены. На высоте последних кипарисов перспектива внезапно обрывается, исчезает. Ощущение влажного воздуха заставляет вспомнить тогда еще редко употреблявшуюся формулу «Мария, спасительная гавань», объясняющую наличие на картине туманной дымки морского побережья. В этом произведении появляется в качестве фона голубая перспектива: Тоскана, теряющаяся в далекой лазури. О том, как добиться такой перспективы, Верроккьо лично консультировал Леонардо, когда тот работал над штандартом, представляющим Венеру и Амура, для Джулиано Медичи. Большая часть работы была выполнена сотрудниками мастерской, но Леонардо собственноручно нанес завершающие штрихи.
Хотя отец и помог ему вновь обосноваться во Флоренции, в дальнейшем он проявлял все меньше интереса к тому, как идут дела сына. Возможно, причиной послужило то, что Леонардо слишком часто бросал незавершенными заказы, полученные при посредничестве отца, и это вредило репутации последнего. Но еще вероятнее другое: у отца появился первый законнорожденный сын, что позволяло ему забыть о бастарде. Его профессия нотариуса вынуждала прислушиваться к тому, что говорят о нем, и само существование Леонардо становилось стеснительным для него. Отныне он не проявлял ни интереса, ни теплых чувств по отношению к бастарду.
Третья супруга сера Пьеро, подарившая наконец-то ему детей, а особенно его четвертая жена, которая произвела на свет еще полдюжины отпрысков, мало-помалу добились того, что Леонардо было запрещено переступать порог отцовского дома. Не было ли это продиктовано стремлением избежать его дурного влияния на законное потомство? Леонардо да Винчи покидал Флоренцию, даже не повидавшись с отцом, о котором сказал: «Он знает цену всех вещей, не имея представления о их ценности».