Мнимая стабильность республики, управлявшейся семейством Медичи, дала трещину: на Пасху 1478 года, прямо в кафедральном соборе во время мессы, на которую собралась вся городская верхушка, представители семейства Пацци совершили покушение на Лоренцо и Джулиано Медичи. Младший из братьев, красавец Джулиано, был убит тринадцатью ударами кинжала, Лоренцо же получил легкое ранение. Преисполненный ненавистью к убийцам брата, он в последующие месяцы беспощадно мстил им и их пособникам. Повсюду беспрестанно убивали, вешали, душили, побивали палками.
Боттичелли получил официальный заказ на написание портретов всех казненных врагов Медичи. Эти портреты, выполненные во весь рост, были вывешены из окон Синьории вместо самих казненных. Художник, наделенный слишком чувствительной натурой, любивший воссоздавать на своих картинах меланхолическое настроение, тяжело переживал это мрачное событие. Не таков был Леонардо, демонстрировавший невероятную, уже ставшую главной чертой его характера, невозмутимость посреди жестокого разгула политических страстей. Более того, он прямо-таки умирал от ревнивой зависти к старшему товарищу по ремеслу, которому удавалось всё, за что бы тот ни брался. Но это ничуть не уменьшало его уважения к Боттичелли и не мешало им дружить друг с другом, даром что крупные заказы всегда обходили Леонардо стороной.
Время вынужденных простоев, когда не было заказов, Леонардо использовал для того, чтобы совершенствовать свои технические приемы, следуя собственной художественной интуиции, и погружаться в занятия философией. Поступая подобным образом, он все дальше отходил от официальных живописцев, отнюдь не становясь при этом модным художником…
Об этом свидетельствуют «Мадонна Литта» и особенно «Мадонна с кошкой»: здесь он обошелся невероятно вольно со святым сюжетом, в частности при изображении мадонны. Это не могло не шокировать публику. Кошка изображена предельно реалистично, а младенец Иисус словно пытается вырваться из рук матери и дотянуться до кошки. Такое ощущение, что всё движется на этой картине. Леонардо опасался, что его произведения, слишком вольно трактующие сюжет из Священной истории, будут плохо приняты публикой. Но ему сопутствовал неожиданный успех. Посыпались новые заказы, однако угроза войны и новых политических потрясений опять отвлекла его внимание от занятий живописью.
Сформировалась антифлорентийская лига, и Медичи забили тревогу. Воспользовавшись ситуацией, Леонардо попытался реализовать свой самый амбициозный замысел: поступить на службу к Лоренцо Великолепному в качестве военного инженера. Развитие артиллерии внесло большие коррективы в военную стратегию, в связи с чем потребовались новые средства для ведения войны. Леонардо обещает изобрести некое универсальное оружие, с помощью которого можно выиграть любую войну, а также проектирует непробиваемые кирасы, боевые колесницы, подземные лабиринты, бомбарды, подводные лодки… Его чертежи и устные пояснения к ним вызывают интерес, но дальше этого дело не идет. Заказов на выполнение проектов не поступает, несмотря на все предпринимаемые им усилия. Похоже, ему просто не доверяют…