Папа своей буллой запретил мирянам взимать налоги с духовенства без своего особого разрешения, но во Франции эта мера не возымела действия, так как Филипп запретил вывозить из страны золото и серебро, и папа пошел на попятный. Тем не менее противостояние переросло в принципиальный спор о верховенстве властей, причем король, как и германские императоры, опирался на помошь законников-легистов, среди которых выделялись Гийом де Ногаре и Пьер Дюбуа; они настаивали на приоритете национальных (т.е. королевских) интересов над церковными.
Филипп затеял судебный процесс над епископом Памье, представителем южнофранцузского духовенства, державшего сторону Рима. В ответ на это папа, который настаивал на подведомственности духовных лиц только церковной юрисдикции, потребовал самого короля на свой суд, а в своей булле «Ausculta fili» 1301 г. провозгласил примат духовной власти над светской и призвал короля к покаянию. Филипп после этого впервые в истории страны собрал Генеральные штаты, в которых были представлены три сословия: дворянство, духовенство и горожане. Ассамблея полностью поддержала монарха, а французские духовные лица не поехали на собор, созванный Бонифацием в Риме. В 1302 г. Бонифаций издал буллу «Unam sanctam», в которой со ссылкой на Евангелие излагалась теория «двух мечей» и снова был подтвержден тезис о первенстве духовной власти над светской; в 1303 г. папа призвал подданных французской короны к неповиновению.
В конце концов в Италию был послан Гийом де Ногаре, который совершил неслыханное до того деяние: опираясь на многочисленных противников Бонифация из числа римской знати, он арестовал папу в городке Ананьи, где тот укрывался, причем по легенде последнему была нанесена пощечина дворянином Шаррой Колонна. Местные жители освободили папу, но событие имело огромный резонанс, а переживший позор Бонифаций VIII вскоре скончался. Властный и погрязший в коррупции папа не пользовался симпатией в самой Италии настолько, что Данте Алигьери поместил его в своей «Комедии» в Аду.
Следующий папа Бенедикт XI снял с французского короля церковное отлучение, а на выборах 1305 г. победил кардинал Бордоский, короновавшийся под именем Климента V (1305-1314). С этого времени начинается тесное сотрудничество папства с французскими королями, которое критики курии (Петрарка) сравнивали с Вавилонским пленом Библии. В 1309 г. Климент перенес свою резиденцию в Авиньон в Провансе, и следующие шесть пап, все французы, сохраняли там свое местопребывание (отсюда, как уже говорилось, произошел термин «Авиньонское пленение» пап). В этот момент Авиньон принадлежал неаполитанскому королю Роберту Анжуйскому (формально - вассалу церкви), а в 1348 г. папа Климент VI выкупил его у королевы Иоанны, воспользовавшись ее политическими трудностями (ее обвиняли в убийстве мужа). Пребывание пап в Авиньоне было вызвано политическими смутами в Италии и составляло выгоду прежде всего для французского престола, которому легче было оказывать влияние на глав западного христианства.