Положение на дороге осложнялось с первых дней войны еще и потому, что более 10 тыс. квалифицированных железнодорожников было призвано в армию. Зимой 1941—1942 годов только в трех депо — Златоуста, Челябинска, Кургана — не хватало 198 машинистов, 173 помощника машиниста и 310 кочегаров. Их место заняли преимущественно женщины. До войны на Южно-Уральской магистрали работало 6766 женщин, а в начале сорок второго — 13990, из них — 5960 — на ведущих профессиях.
В те годы успешно владели профессиями паровоза И. И. Терехина, Р. И. Лепешкова и многие другие. Их локомотивы всегда были в отличном состоянии, работали без межпоездного ремонта, водили тяжеловесные поезда. В труднейших условиях под огнем противника в конце 1941 года из прифронтовой полосы железнодорожники вывезли около 1,5 млн вагонов, или 30 тыс. поездов с оборудованием, материалами и людьми. Многие из них проследовали по Южно-Уральской железной дороге. Грузы с Запада продвигались в большинстве случаев неорганизованно. По дороге некоторые составы попадали под бомбежку. Они рассортировывались, на станциях скоплялось большое количество вагонов. В октябре сорок первого только в районе Челябинска скопилось 6,6 тыс. вагонов с грузом и 21,7 тыс. вагонов были на подходе.
Трудились железнодорожники в труднейших условиях. Строгость и требовательность предельно высокие. Приходилось постоянно выискивать резервы пропускной способности дороги. Это в те годы по инициативе машинистов П. А. Агафонова из Челябинска, М. И. Куприянова из Златоуста, Захарова из Троицка были созданы фронтовые колонны паровозов. Они совершали скоростные рейсы, делая в сутки по 450—500 километров. На дороге организовали 22 паровозные колонны. Машинисты их провели более 9 тыс. тяжеловесных поездов, в которых дополнительно перевезли около 7 млн тонн грузов.
Но чтобы вывести дорогу из столь затруднительного положения, одной творческой инициативы было мало. Требовалось расширить подъездные пути, провести реконструкцию ряда локомотивных депо, капитальный и средний ремонт путевого хозяйства. В 1942 году ГКО принял постановление о ликвидации узких мест на Южно-Уральской железной дороге. В соответствии с ним скоростным методом был построен 40-километровый южный объезд Челябинского узла, сооружены новые грузовые станции Камышная, Металлургическая, Восьмой километр. В конце 1942 года закончилось строительство новой железнодорожной магистрали Карталы — Акмолинск, которая давала выход карагандинскому углю на Южный Урал.
С помощью промышленных предприятий — шефов дороги была расширена ремонтная база, это позволило железнодорожникам своими силами ремонтировать весь подвижной состав и оборудование. К концу сорок второго года удалось несколько ослабить обстановку на Южно-Уральской железной дороге. И уже в первом полугодии сорок третьего самая крупная дорога Урала — Южно-Уральская — значительно увеличила объем перевозок, завоевала первое место во Всесоюзном социалистическом соревновании и получила Красное знамя ВЦСПС и Наркомата путей сообщения.