Остается упомянуть еще об одной картине, стилистика которой вписывает ее в один ряд с работами Леонардо раннего периода. Точно не известно, где она была написана, место ее написания – предмет оживленных научных споров в настоящее время, однако большинство исследователей сходится на том, что скорее всего картина написана после отъезда Леонардо из Флоренции в 1482 году, вероятнее всего, после того, как он прибыл в Милан, или в следующем году. Это полотно – первое из произведений Леонардо, сохранившееся до наших дней в нетронутом виде. Речь идет о луврской «Мадонне в скалах» (второе название «Мадонна в гроте»). Именно в ней Леонардо, наконец, примирил воображение и научный подход к натуре. Это своего рода мистическое откровение. Окружающая Мадонну обстановка вовсе не земного происхождения – вода, открытая небу пещера, дающая кров Мадонне, ангелу, младенцам Христу и Иоанну. Все фигуры в высшей степени грациозны, их жесты непринужденны, детали пейзажа настолько правдивы, словно бы их изобразил самый искусный в живописи геолог и ботаник.
«Мадонна в скалах», полная намеков и символов, лежащих за пределами человеческого понимания, открывает нам Леонардо с самой загадочной стороны. Каково значение выразительного жеста ангела, указывающего не на Христа, а на Иоанна? В самом ли деле эта маленькая фигурка, которую Мадонна как бы защищает, прикрыв рукой и полой одежды, Иоанн, или же она олицетворяет собой все человечество, нуждающееся в божественной защите? Преднамеренно ли пещера нарисована в виде подобного утробе закрытого пространства, символизирующего начало жизни? Ученые ломают головы над ответами на эти вопросы; сам же Леонардо, как и большинство великих художников, даже не пытался что-либо объяснять в своих работах, убежденный, что люди не хуже, чем он сам, поймут то, что нельзя выразить словами.
Ранние биографы утверждают, что в 1482 году тридцатилетний Леонардо отправился в Милан играть на лютне при дворе Лодовико Сфорца. Инструмент, который он взял с собой и рисунки которого сохранились, был сделан из конского черепа и оправлен в серебро. Это было вполне в духе Леонардо: безобразное его привлекало; однако форма инструмента была выбрана не просто так: полость черепа давала хороший резонанс и усиливала звук. Среди других инструментов, сделанных по рисункам Леонардо, можно назвать колесный барабан, который, когда его толкали, отбивал ритм, автоматические молоток и колокольчик, издававший в определенные моменты чистый звук, и органную виолу с упругим смычком, используемую нищими так же, как недавно еще использовалась шарманка. Его интерес к музыке, по всей видимости, не пошел дальше этого. В бумагах сохранился лишь один фрагмент нотной записи, представляющий собой часть канона.