В XVII и XVIII веках «Тайная вечеря» много раз реставрировалась совершенно не квалифицированными художниками. Сэр Кеннет Кларк указывал на некоторые из прискорбных последствий такой реставрации: «На картине (какой она представлена в наши дни) святой Петр, со своим по-крестьянски низким лбом, – одна из фигур, сильнее всего нарушающих гармонию композиции; однако ранние копии показывают, что его голова в оригинале была наклонена назад и прорисована по законам линейной перспективы. Реставратор не смог справиться с этим фрагментом…» О святом Андрее было известно, что в оригинале его голова повернута на три четверти, реставратор же «превратил достойного старого человека в лицемерную обезьяну, бросающую всем вызов». Голова святого Иакова Младшего вообще не принадлежит кисти Леонардо, она написана рукой неизвестного художника.
Контуры основных фигур все же остались. Между 1946 и 1954 годами картина вновь была отреставрирована Мауро Пелличиоли, мастером своего дела, и то, что различимо теперь, как сквозь стекло, замутненное годами и покрытое паутиной, имеет некоторое сходство с оригинальным творением Леонардо.
Сейчас трапезная пуста, настоятель и монахи давно покинули монастырь. Поблизости расположен киоск с буклетами и экскурсионное бюро, в зале два фотографа показывают снимки, свидетельствующие о том, какой ущерб во время Второй мировой войны нанесла помещению бомба, упавшая всего в нескольких метрах от заложенной мешками с песком «Тайной вечери».
Когда после падения Лодовико Сфорца Леонардо покидал Милан, он ощущал творческий подъем. Дать Леонардо оценку как ученому невозможно: слишком много его бумаг утрачено, а те, что остались, в полном беспорядке. Проблема еще больше усложняется эклектизмом Леонардо. Известно, что он с легкостью заимствовал, в нетронутой или измененной форме, идеи своих современников. Но все же некоторые выводы можно сделать. Прежде всего, вне всякого сомнения, Леонардо – титан науки, каким провозгласили его наиболее восторженные почитатели.
Он без конца наблюдал за движением и давлением воздуха и вывел некоторые основополагающие принципы аэродинамики; он изучал полет и планирование птиц и летучих мышей, как анатом исследовал их крылья. Обладая даром обобщения, он рисовал приборы, которые должны быть использованы при полете: определитель скорости ветра; инклинатор, который должен показывать авиатору, потерявшему ориентацию в облаках, летит ли он параллельно земле или под наклоном; устройство, которое, по всей видимости, является первым в мире парашютом, – огромный пирамидальный тент с легкой деревянной рамой. Существует легенда о том, что в 1505 году (затем его исследования в области летательных аппаратов оборвались) Леонардо (или один из его молодых помощников) сделал попытку взлететь с вершины холма Монте Цецерии близ Флоренции, однако, возможно, это всего лишь романтический миф.