Лица на картине, за исключением лица Христа, по слухам, были списаны с обычных людей, которых Леонардо встречал в Милане и окрестностях. Чтобы нарисовать лицо Господа, он, по-видимому, нашел двух натурщиков. Вот что сказано по этому поводу в его заметках: «Христос: граф Джованни, который служил при дворе кардинала де Мортаро… Алессандро Кариссимо из Пармы для рук Христа». Фигура Христа глубоко трогательная, она соотнесена с Вечностью, которую Леонардо обозначил с помощью спускающейся с левого плеча Христа мантии холодного голубого цвета – цвета отстраненности. А вот чтобы нарисовать Иуду, Леонардо потратил много времени, посещая притоны, куда заглядывали миланские преступники, так что приор Санта Мария делле Грацие пожаловался Сфорца на его «лень». Леонардо ответил, что у него возникли трудности – он ищет лицо Иуды, но если время поджимает, то он может воспользоваться лицом приора, которое очень подходит для этого.
Итальянский писатель Маттео Банделло, который в детстве посещал монастырскую школу и видел Леонардо за работой, описывает его так: «Он часто приходил в монастырь на рассвете… Торопливо взобравшись на леса, он прилежно трудился до тех пор, пока наступившие сумерки не заставляли его остановиться; при этом он совершенно не думал о еде – так был поглощен работой. Иногда Леонардо оставался здесь дня на три-четыре, не притрагиваясь к картине, только заходил и по нескольку часов стоял перед ней, скрестив руки и глядя на свои фигуры так, будто критиковал самого себя. В полдень, когда стоящее в зените солнце делало улицы Милана безлюдными, я видел, как он торопился из дворца, где работал над своей колоссальной статуей, не ища тени, самой короткой дорогой, в монастырь, чтобы добавить мазок-другой к своей картине, после чего немедленно возвращался».
Впечатление от работы, которая была завершена в 1498 году, было потрясающим: казалось, что граница между реальностью и иллюзией исчезла, а комната была продолжением живописи.
Из двух проблем, с которыми веками сталкивались авторы «Тайной вечери», проблему выделения Иуды Леонардо разрешил с наибольшей легкостью. Он поместил Иуду с той же стороны стола, что и всех остальных, однако немного отстранил его от других. Мрачный и сосредоточенный, Иуда отпрянул от Христа. На нем вековая печать вины и одиночества. Другие апостолы, вопрошающие, протестующие, отрицающие, все еще не знают, кто из них предатель, – зритель узнает это сразу.
Леонардо работал не в технике афреско, а темперой, используя все богатство цвета, которое она предоставляет. Ему предстояло рисовать на каменной стене, и он счел необходимым сперва покрыть ее специальным составом, который укрепил грунт и защитил картину от сырости. Он сделал состав из смолы и мастики – и этим положил начало одной из величайших трагедий в истории искусства. Трапезная Санта Мария делле Грацие была наскоро отремонтирована по приказу Сфорца: строители заполнили внутристенные пространства удерживающим сырость щебнем, но кислоты и соли со временем начали проступать на извести и старом кирпиче. К тому же монастырь располагался в низине – Гете заметил, что в 1800 году после сильного ливня в комнате стояла вода, затопившая ее примерно на полметра, и предположил, что известное по хроникам сильное наводнение 1500 года, случившееся вскоре после завершения картины, послужило причиной такого же, если не большего, потопа. Сырость и разъедающие выделения из стен неумолимо делали свою работу: краски начали отслаиваться. В 1556 году картину обследовал Вазари. Он записал: «Ничего не видно, кроме грязных пятен». Столетие спустя появилась запись, что за исключением отдельных деталей на стене почти ничего невозможно разглядеть.