Хотя иезуитам для финансирования своей миссии в Японии и пришлось превратиться в торговцев, они никогда не забывали о своей главной задаче — обращении японцев в истинную веру, И выполняли ее с необыкновенным рвением и фанатизмом, что в конечном итоге привело к немалым жертвам. Возглавлял эту миссию в Японии в конце XVI века итальянец по имени Алессандро Валиньяно, который прожил в этой стране с 1579 до 1603 года.
Валиньяно, человек необычайно умный, понимал, что, если миссионеры хотят, чтобы их деятельность в Японии увенчалась успехом, они должны приспособиться к японскому образу жизни и обычаям, как бы трудно это ни было. Осознавая всю сложность этого процесса адаптации, Валиньяно и иезуиты всеми силами противились приезду монахов-францисканцев с Филиппин. Они боялись, и, как впоследствии выяснилось, не без оснований, что монахи поведут себя более грубо и не столь гибко, как того требовала ситуация, и разногласия между иезуитами и францисканцами нанесут вред миссионерскому делу.
Несмотря на все усилия Валиньяно не допустить монахов-францисканцев в Японию, в 1593 году они все же прибыли в страну. Монахи утверждали, что приехали сюда не ради торговли или миссионерства, а лишь в качестве послов испанского правительства на Филиппинах. Однако вскоре они построили церковь в Киото и монастырь в Осака. С того момента отношения между португальскими иезуитами и испанскими монахами приняли явно враждебный характер. Противоречия еще больше обострились в 1608 году, когда папа римский изменил свою прежнюю политику и предоставил испанским миссионерам полную свободу действий в Японии. На следующий год испанский король издал указ о том, что отныне испанцам разрешается торговать с Японией. Теперь португальские купцы и торговцы оказывали поддержку иезуитам, а испанцы — монахам-францисканцам, что еще усилило напряженность. Распри отрицательно сказались на общем положении христианской миссии в Японии.
Подозрительность и недоверие, которое испанцы и португальцы в Японии питали друг к другу, могли бы привести к серьезным столкновениям, если бы не появление голландцев-еретиков. Теперь их злоба вылилась на головы прибывших протестантов, которые к тому же были ненавистны испанцам как предатели и смутьяны, незаконно отделившиеся от испанской империи.
Восстание голландцев против испанского правления привело к тому, что по приказу испанского короля Филиппа II лиссабонский порт был закрыт для голландских судов. Эта акция явилась серьезным ударом для голландцев, которые до того регулярно совершали рейсы в Лиссабон. Там они закупали пряности и шелка, привозимые португальцами с Дальнего Востока, а затем продавали их с большой выгодой в странах Северной Европы. Поэтому, когда испанский король запретил нидерландским судам заходить в лиссабонский порт, голландцам оставалось либо принять этот удар и смириться, отказавшись навсегда от столь прибыльной торговли, либо искать новые пути к сокровищам Дальнего Востока, которые так притягивали к себе европейцев, что они готовы были платить за них большие деньги. Голландцы отличались упорством и смелостью, и естественно, выбрали последнее: стали посылать на Дальний Восток свои экспедиции, чтобы завладеть богатствами этих загадочных стран, которые до сих пор полностью находились в руках испанцев и португальцев.