Идя навстречу пожеланиям друзей, Кокс дал согласие еще на один прощальный обед. К тому моменту, когда он объявил, что настало время всем покинуть корабль, алкогольное опьянение и искренняя печаль вызвали слезы как у англичан, так и у провожавших их японцев и голландцев. Наконец гости покинули судно; но они еще долго, до тех пор, пока корабль не скрылся из виду, смотрели с берега ему вслед, махали руками и выкрикивали прощальные слова Коксу и другим купцам, стоявшим на высокой корме.
Со своей стороны Кокс и его товарищи с грустью взирали на удаляющийся берег и веселых собутыльников, которых они там оставили, а когда фигуры людей на берегу скрылись из виду, они спустились в трюм, чтобы сном восстановить силы после последней пирушки. На следующий день был канун рождества, но Кокс не мог ни о чем думать, кроме предстоящей неприятной встречи с Ферслендом в Батавии; и на протяжении всего плавания, вспоминая свои прошлые грехи, он обдумывал, как лучше защищаться против тех обвинений, которые, как он знал, будут ему скоро предъявлены.
«Балл» прибыл в Батавию 27 января 1624 года, и самые скверные опасения Кокса подтвердились. Ферсленд сразу же стал строго выговаривать ему за «преступную халатность и злоупотребления». Хорошенько отчитав Кокса за все прегрешения, Ферсленд поверг его в полное уныние следующим заявлением: Коксу надлежит немедленно вернуться в Англию и держать там ответ за свое поведение в Хирадо перед директорами Ост-Индской компании. Для Кокса это было равносильно смертному приговору, но заставить Ферсленда изменить свое решение было невозможно, и поэтому 22 февраля 1624 года Кокс покинул Батавию на судне «Энн Ройалл», взявшем курс на Англию.
Мысль о предстоящем позоре в Лондоне, где все его хорошо знали, так угнетала Кокса, что вскоре он внезапно заболел и 27 марта умер в пути. В судовом журнале появилась краткая и сухая запись: «похоронен согласно обряду». Бедный Кокс! Как он, должно быть, тосковал по своей миниатюрной японской жене, любимому садику в Хирадо, легкой и насыщенной развлечениями жизни в Японии тем временем, как «Энн Ройалл» безжалостно несла его по Южным морям навстречу неминуемому суду в Лондоне! Безусловно, он много страдал, и судьба, избавившая его от дальнейших мучений и окончательного бесчестия на родине, отнеслась к нему с гораздо большим сочувствием, чем земные судьи.
Однако наши симпатии к Коксу не должны заслонять того факта, что он в какой-то мере был виновен в неудачах, постигших английскую факторию в Японии. Несмотря на то что сам он, по-видимому, был честен в делах, которые вел от имени Компании, его руководство торговым предприятием и деятельностью других купцов не отличалось требовательностью. Так, ему не удалось обнаружить нелегальную частную торговлю, которой занимались в большом масштабе некоторые купцы, в особенности Викхем, за счет Ост-Индской компании, а если он и обнаружил ее, то неспособен был остановить. В то же время Кокс был слишком расточителен в расходах, когда в этом не было никакой нужды, и тем самым способствовал увеличению издержек фактории. Так, например, в письме к Коксу Ферсленд упрекает его в том, что он слишком щедро платил морякам, нанятым Ост-Индской компанией: