В 1968 г. баасисты вновь совершили переворот – на этот раз удачно. Власть в стране перешла к Совету Революционного командования во главе с родственником Хусейна Ахмедом аль-Бакром. Сам Саддам Хусейн стал вице-президентом и занял второе место в правительстве. Новое правительство решило «очеловечить» лицо режима, и с этой целью были предприняты шаги к решению курдской проблемы. С большой помпой была обнародована Декларация о курдской автономии. Курды прекратили мятежи на севере страны.
Однако вскоре разгорелась острая конкурентная борьба внутри самой верхушки ПАСВ – между военной и гражданской группировками. Саддам в свое время мечтал о военной карьере. В то время многие честолюбивые арабы стремились стать офицерами, так как это был самый верный путь к видному положению в обществе, к блестящей карьере. Но Саддам, анализируя ход событий в своей стране, убедился, что военные режимы ненадежны. Он склонялся к советской модели тоталитарного государства, которая была внутренне прочна и сумела создать мощнейшую в мире армию, опираясь на однопартийную систему. Сила Хусейна заключалась в организаторском таланте, позволившем создать строгую партийную структуру, плести хитроумные интриги против опасных соперников и устранять их, умело использовать племенные, клановые, семейные связи и противоречия. Он использовал «Джихаз ханин» для того, чтобы не только устранить внешних врагов партии, но и ликвидировать фракции и группы внутри самой ПАСВ. В стране началась сплошная баасизация всех государственных органов и общественных организаций.
В военные академии и колледжи принимались только члены партии, на высшие посты назначались лишь офицеры, связанные с Хусейном и тикритским кланом. Реальная власть все больше переходила от аль-Бакра к Хусейну.
В течение 1975–1978 гг. Саддам расправился с курдами, шиитами и коммунистами. Из Курдистана было депортировано 350 тыс. человек, сожжено 250 деревень. В мае 1978 г. были казнены более 30 коммунистов, ИПК ушла в подполье. 17 июля 1979 г. пришло время аль-Бакра. Он был лишен всех постов, взят под домашний арест, а по официальной версии – ушел в отставку по болезни. Саддам Хусейн стал президентом Ирака.
Свое правление Хусейн начал с крупномасштабной «чистки» рядов партии. Были арестованы почти все руководящие деятели Баас, министры и близкие друзья, помогавшие ему подняться на вершину власти. В камеры были брошены их жены, дети, которых пытали на глазах родителей. Не доверяя никому, Хусейн окружил себя только представителями своего клана. (До них руки вождя тоже впоследствии дойдут.) Саддам установил тотальный контроль над иракским обществом с помощью развернутой сети осведомителей, применял пытки, казни и другие формы подавления. Всех потенциальных конкурентов физически уничтожили, был развернут огромный аппарат безопасности.