В 1968 г. сторонники Торрихоса совершили военный переворот, активным участником которого был и Норьега. После этого он пошел в гору – был назначен командующим военным округом. Особое расположение и покровительство генерала Норьега завоевал в декабре 1969 г., когда во многом благодаря его усилиям была сорвана попытка переворота, направленная против Торрихоса. Вскоре Норьега получил звание подполковника и возглавил управление военной разведки и контрразведки, которым руководил 11 лет. Согласно многочисленным свидетельствам, именно тогда Норьега начал активное сотрудничество с ЦРУ. Тогда же, используя свои неограниченные возможности, он стал заниматься и весьма сомнительной деятельностью – торговлей наркотиками. Вопрос об этой его деятельности был поднят в 1977 г. в конгрессе США, однако тогда дальше подозрений дело не пошло. Порывать отношения с таким нужным человеком в США не хотели. Один из высокопоставленных американских деятелей говорил: «Когда приходится заниматься грязным делом, то приходится мириться с недостатками людей, готовых помогать». «На жизнь» Норьега «зарабатывал» не только наркотиками, но и продажей оружия, поставляя его колумбийским повстанцам. И все это делалось за спиной главы государства Торрихоса.
11 июля 1981 г. при загадочных обстоятельствах генерал Торрихос погиб в авиационной катастрофе, а в марте следующего года его ближайшие соратники полковники Паредес, Эррера и Норьега заключили между собой союз, поставив во главе Национальной гвардии Паредеса. С августа 1983 г. Норьега – уже бригадный генерал, а через год, оттеснив Паредеса, занял пост главнокомандующего Национальной гвардии, Паредес же выставил свою кандидатуру на пост президента страны, однако соратник Норьеги, Эррера, открыто угрожая применить армию, заставил его отказаться от этого шага.
Осенью 1983 г. панамский парламент под давлением Норьеги принял закон о создании Сил национальной обороны – СНО. В их состав были включены Национальная гвардия, ВМС, ВВС, силы обороны Панамского канала, полиция и другие службы, регулирующие жизнь страны. Даже церковь выступила против этого закона, считая его неконституционным и антидемократическим. СНО быстро превратились в репрессивно-карательный аппарат, а Норьега сосредоточил в своих руках абсолютную, ничем не ограниченную власть. Теперь президенты избирались по его указке, а Панама все больше превращалась в центр «отмывания грязных денег» – в страну хлынул поток наркодолларов. Широко практиковалась продажа гражданства, создавались подставные фирмы. Норьега получал огромные взятки от торговцев наркотиками, прежде всего от колумбийского Медельинского картеля, продолжалась и торговля оружием.