Изменения в первоначальном составе правительства, где основную роль играли Салтыковы, близкие к матери царя «великой старице» инокине Марфе Ивановне Шестовой, происходили по мере взросления царя Михаила Федоровича. Причиной охлаждения царя к Салтыковым стал внутренний, семейный конфликт, расстроивший царскую свадьбу с Марией Хлоповой. Активное противодействие планам женитьбы царя со стороны Салтыковых положило определенный предел их влиянию при дворе. Хотя Михаил Федорович был послушен воле матери и оставил ее племянников в покое, при дворе стала восходить яркая звезда боярина князя Ивана Борисовича Черкасского. С его именем связаны назначения в так называемые сыскные приказы, ставшие основной новацией первых лет царствования Михаила Федоровича. Характерно, что князь Иван Борисович Черкасский был призван помочь царю Михаилу Федоровичу решать наиболее сложные и запутанные дела, затрагивавшие интересы разных влиятельных сил. Пробным камнем стало назначение Черкасского в 1617 году в приказ по отмене тарханов, то есть всевозможных льгот, записанных в жалованных грамотах монастырям и торговым людям. В 1618 году его приглашают к царским столам, где ему отведено почетное первое место среди приглашенных бояр. В этом же году князю Ивану Борисовичу поручили впервые созданный Приказ «сыскных дел», целью которого должен был стать разбор дел с «сильными людьми». Важной была его роль в отведении угрозы захвата Москвы войском королевича Владислава в 1618 году.
Необходимость решать сразу несколько тяжелейших внутренних и внешних задач после 1613 года, да к тому же в государстве, основательно разоренном Смутой, привела к тому, что на первом этапе деятельности «правительства» Михаила Федоровича оно вынуждено было делить власть с земскими соборами. П. П. Смирнов вообще называл время с 1613 по 1619 год периодом «соборного управления»[339]. В любом случае, говоря о «сильных людях», нужно помнить, что наиболее важные решения в это время принимались на соборах сообща Боярской думой и представителями Государева двора, уездного дворянства и посадских людей. Земские соборы по-прежнему олицетворяли участие «всей земли» в управлении, продолжая традицию, сложившуюся в деятельности подмосковных ополчений в 1611–1612 годах.
При патриархе Филарете, вернувшемся в Москву в 1619 году, произошли значительные изменения в системе власти. Дело здесь не только в известном «двоевластии» царя и патриарха, тем более что сын добровольно уступил отцу приоритеты решений о текущих делах. Стоящая рядом с сыном фигура 66-летнего отца Филарета, наоборот, должна была стать символом торжества справедливости по отношению к ветерану московской политики, нагло оттесненному когда-то Борисом Годуновым от заветной цели — Московского царства. Во-первых, изменилась роль земских соборов, существовавших при Филарете только в первые два-три года после его возвращения. Во-вторых, в состав Думы вошли люди, вернувшиеся из польского плена одновременно с патриархом. Особенно был приближен к престолу и поставлен над «новой знатью» боярин Михаил Борисович Шеин, герой смоленской обороны 1609–1611 года. Его высокомерное пренебрежение амбициями других членов Думы, как мы знаем, дорого обошлось старому воеводе: никакие прежние заслуги не спасли его от казни за самовольное оставление Смоленска в феврале 1634 года. Думный дьяк Томило Луговской, также выехавший из плена вместе с патриархом Филаретом, был поставлен во главе Разрядного приказа. Произошли и другие перестановки в Думе. «Во время Филарета, — писал С. Ф. Платонов, — заметнее становятся некоторые князья Сицкие, князь А. М. Львов, князь Б. А. Репнин — из той же дворцовой знати, какая сложилась при новой династии»