Как ни странно, но никакой альтернативы 20-мм «Маузерам» немецкие оружейники зимой 1942–1943 гг. предложить не могли. Находившаяся на вооружении Люфтваффе уже несколько лет 30-мм автоматическая пушка МК101 с огромным трудом пробивала себе дорогу в арсеналы серийных самолётов. Фактически в рассматриваемое время они имелись на вооружении лишь очень небольшого количества BfllOF, применявшихся в частях авиации непосредственной поддержки сухопутных войск. Хотя некоторые пилоты «разрушителей» довольно высоко оценивали характеристики этой артсистемы, в целом от её появления основная масса пилотов положительных эмоций не испытывала. Причина была банальной — несмотря на внушительный калибр, скорострельность МК101 была откровенно невысокой — всего 200 выстр./мин. К тому же она была весьма громоздкой и даже в такой крупный самолёт как двухмоторный BfllO вписалась не без труда.
И всё же проблемы специалистов по вооружению, работавших по программе создания Ме163, представляли собой почти ничто в сравнении с задачами, которые приходилось решать двигателистам. Как бы там ни было, но 21 февраля 1943 г. в Пенемюнде Рудольф Опиц поднял в небо Mel63V-8 (код VD+ER), представлявший собой фактически один из прототипов боевой модификации «В». Помимо двигателя на самолёте были смонтированы и обе 20-мм пушки.
К этому времени стала очевидной нехватка квалифицированных лётчиков-испытателей, которые участвовали в программе Ме163 и в течение апреля Рудольфу Опицу подготовил двух гражданских пилотов Ганса Бойе и Бернхарда Гоманна, которые сразу же включились в испытательные и доводочные работы, в числе которых была и калибровка махометров на уже выпущенных машинах.
Поскольку ситуация с двигателями Вальтера оставалась всё ещё не ясной, Министерство авиации выдало заказ на разработку ЖРД для Ме163 фирмам BMW и «Аргус». Последняя, занятая доводкой силовой установки для крылатой ракеты V-1 (известной у нас под обозначением ФАУ-1), предложила фактически аналогичный по конструкции образец «Аргус 109–014». Однако то, что было приемлемо для крылатой ракеты, мало подходило для пилотируемого перехватчика. В результате этот проект по существу оказался мертворождённым из- за многочисленных просчётов, причём основной проблемой было обеспечение возможности быстрого изменения тяги в широком диапазоне. Немудрено, что оба выделенных для фирмы «Аргус» прототипа Me163V-ll и V-12 так и не дождались своих силовых установок.
Специалисты BMW, пользуясь уже имевшимися значительными наработками в области реактивного двигателестроения, смогли к весне следующего года разработать и испытать ЖРД Р.3330A, а вскоре на испытания выставили его улучшенные варианты с двумя камерами сгорания Р.339 °C и Р.3391, которые развивали тягу в диапазоне от 600 до 2500 кг. Продолжали совершенствовать своё детище и специалисты фирмы «Вальтер». Одним из направлений модернизации силовой установки стала отработка более плавного изменения тяги двигателя. Поскольку для этой цели было достаточно изменить схему электрической коммутации управления топливной автоматикой, то работы в этом направлении были проведены достаточно быстро. Вскоре пилоты могли по своему усмотрению включать форсунки в следующих комбинациях: