Сидорка Заварзин привез подложную грамоту на казачий круг, где она была прочитана перед всеми казаками. Поднялась буря возмущения, казаки потребовали призвать Ляпунова к ответу, им давно были в тягость его суровые методы по укреплению дисциплины и по пресечению мародерства. В шатер приказного воеводы явился атаман Сергей Карамышев как посланец от казачьего круга. Ляпунов, не чувствуя за собой вины, отклонил приглашение казачьего войска. Тогда от казаков пришли двое поручителей с обещанием, что войско не причинит Ляпунову никакого вреда. Поверив им, Ляпунов отправился на казачий круг безо всякой охраны. Сидорка Заварзин предъявил Ляпунову подметную грамоту, скрепленную его подписью. Ознакомившись с текстом и осмотрев подпись, Ляпунов немного растерянно произнес: «Похоже на мою руку, токмо я этого не писывал». Его слова потонули в общем шуме. Окружив Ляпунова плотным кольцом, казаки потрясали обнаженными саблями и требовали немедленно казнить «изменника». Выскочивший из толпы атаман Карамышев бросился на Ляпунова и рубанул его саблей. Ляпунов упал, обливаясь кровью. Немногочисленные дворяне находившиеся тут же, в испуге подались прочь. Лишь Иван Ржевский проявил смелость, возмущенно крикнув, что земского воеводу казаки убивают без причины – «за посмех». Ляпунов был еще жив, но обозленные казаки добили его. Под горячую руку казаки зарубили и дворянина Ржевского.
Три дня изрубленные трупы Ляпунова и Ржевского валялись на лугу возле казацких становищ, облепленные мухами. На четвертый день разлагающиеся на солнце тела были брошены в повозку и отвезены в ближайшую церковь на Воронцовском поле. Оттуда убитых перевезли в Троице-Сергиеву обитель и там предали земле. На каменном надгробии была высечена краткая надпись: «Прокопий Ляпунов да Иван Ржевский покоятся тут, убиты в 7119 году июля в 22-й день».
По тогдашнему летоисчислению 7119 год соответствовал 1611 году.
Известие о гибели Ляпунова произвело тягостное впечатление на все земское воинство. В ту пору ни у кого не вызывало сомнения, что Ляпунов погиб в результате заговора между его тайными недругами среди бояр и казаков. Одни называли главным виновником убийства Ляпунова князя Трубецкого, другие – атамана Заруцкого, третьи – боярина Ивана Шереметева.
Земская знать недолюбливала Ляпунова, считая его неродовитым выскочкой, дорвавшимся до высокой власти. Этому же способствовал крутой нрав Ляпунова, который никогда не выказывал почтения к боярам и князьям. Все знатные люди, приходившие к Ляпунову с челобитной, были вынуждены подолгу стоять в очереди возле его шатра или подле крыльца приказной избы.