Хотя Лигарид и принял для видимости православие, он продолжал вести активную переписку с иезуитской конгрегацией «Пропаганда», у которой состоял на жалованье в качестве католического миссионера, и с варшавским нунцием Пиньятелли — впоследствии римским папой Иннокентием XII. Как ловкий дипломат, Лигарид впоследствии вёл в Москве пропаганду унии Русской Церкви с Римом. Польский король Ян-Казимир так обращался к Паисию: «Достопочтенный во Христе отец и свято нам любезный, в благочестивом нашем желании мы имеем ваше преосвященство единственным орудием в соседнем и дружественном нам великом княжестве Московском… Мы ещё и ещё просим ваше преосвященство сообщить всякое своё прилежание в составлении мира и единства латинской и греческой церкви» и обещал ему при этом «нашу королевскую милость».
Изверженный из сана иерусалимским патриархом Нектарием, Лигарид прибыл в Москву в 1662 году по приглашению патриарха Никона для помощи и придания авторитетности его реформам. Однако после падения Никона сразу же от него отвернулся и на Соборе 1666–1667 годов активно помогал царю Алексею Михайловичу расправиться со своим бывшим благодетелем. Характерны взаимные отзывы друг о друге Никона и Паисия Лигарида. Никон утверждал, что Паисий «на развращение святей церкви новые законы вводит: ово от отреченных книг, ово от внешних баснословных блужений», «ложными шпынскими проклятыми книгами» руководствуется, обращается к нему: «новый раскольниче, а реку — еретиче», «новый Люторе, поругателю евангельский», «безумный раскольниче и преступниче святых отец установленных вечных предел», называет его «лицемером», «человекоугодником», «враждотворцем», «жидовским подражателем». Наконец, бросает в его адрес: «Ты же аще не имеешь, яко ворона, дому, от него взятися древу, но на разбойническом древе достойно тя есть повесити». В свою очередь, Лигарид в беседе с царём замечает о Никоне: «Поистине лучше было бы мне никогда не видать такого чудовища; лучше бы я хотел быть слепым и глухим, лишь бы не слышать его киклопских криков и громкой болтовни»…
Начитанный и обходительный Паисий сумел закрасться в доверие царю, угадав сокровенные его мысли: поведал о пророчестве, согласно которому греков от турок якобы должен освободить именно царь Алексей. Сохранилась его книга «пророческих сказаний» под названием «Хрисмос». Архидиакон Павел Алеппский сообщает об этой книге следующее: «Мы (патриарх Макарий Антиохийский и сам Павел. — К.К.) добыли ещё от митрополита Газского другую греческую книгу, которую он составил в разных странах и из многих книг и назвал “Хрисмос”, то есть книга предсказаний. Она единственная и не имеется другого списка её. Содержит в себе предсказания, (выбранные) из пророков, мудрецов и святых, касательно событий на Востоке: об агарянах, Константинополе и покорении ими этого города — известия весьма изумительные; также о будущих и имеющих ещё совершиться событиях. Я заставил того же писца снять с неё также два списка. С большим трудом митрополит дал её нам для переписки, но он, то есть митрополит Газский, не желал этого, пока я не добился его согласия при помощи подарков, и потому, что ему стало совестно перед нами, и он разрешил нам списать её. Кто прочтёт эту превосходную книгу, будет поражён изумлением перед её пророчествами, изречениями и прочим содержанием…»