Если уж достаточно хорошо знавшие Лигарида восточные иерархи всерьёз восприняли эту состряпанную иезуитами сомнительную компиляцию, то что уж говорить о недалёком и падком на лесть Алексее Михайловиче!..
За время пребывания в Москве Лигарид постоянно выпрашивал у царя деньги якобы на содержание Газской епархии, к которой уже не имел никакого отношения. Также подделал грамоту патриарха Дионисия Константинопольского, выдавая себя за патриаршего экзарха. Зарабатывал тем, что нелегально торговал мехами, драгоценными каменьями, вином и запрещённым в России под страхом смертной казни табаком. «У Газского митрополита, — сообщает Аввакум, — выняли напоследок 60 пудов табаку, да домру, да иные тайные монастырские вещи, что поигравше творят». Для этого церковного авантюриста не существовало не только нравственных и конфессиональных границ, но также и сексуальных. Подобно многим заезжим грекам Лигарид не был чужд «содомскому греху».
«Митрополит Паисий Лигарид, — замечает историк С. Зеньковский, — в свою очередь был проклят и отлучён от церкви своим же владыкой, патриархом Нектарием Иерусалимским, а за свои нехристианские поступки и измену православию скорее заслуживал находиться на скамье подсудимых, чем среди судей». Патриарх Нектарий в письме к царю Алексею Михайловичу писал, что Паисий Лигарид «называется с православными православным», а «латыни свидетельствуют и называют его своим, и папа римский емлет от него всякий год по двести ефимков». Ему вторил константинопольский патриарх Дионисий: «Паисий Лигарид лоза не константинопольского престола, я его православным не называю».
Однако, получив от патриарха Нектария такие компрометирующие сведения, царь вовсе и не думал изгонять Лигарида как обманщика и «папежника». Он… решил купить ему разрешение и прощение у иерусалимского патриарха. Уж слишком он в нём нуждался. Новый патриарх оказался более покладистым и за большие деньги дал такое разрешение, хотя впоследствии и пожалел и даже вновь запретил Лигарида в служении как «латынщика».
28 ноября 1666 года в государевой Столовой палате открылся Большой Московский собор. На нём присутствовали 29 архиереев, из которых 12 были иностранцами. Присутствовали представители всех главных церквей Востока, так что действительно возникала иллюзия некоего нового «вселенского собора». Кроме двух «вселенских» патриархов Макария Антиохийского и Паисия Александрийского, для соборного суда над Никоном в Москву прибыли пять митрополитов Константинопольского патриархата — Григорий Никейский, Козьма Амасийский, Афанасий Иконийский (который, впрочем, за подделку полномочий вместо собора оказался в заключении в Симоновом монастыре), Филофей Трапезундский, Даниил Варнский и один архиепископ — Даниил Погонианский; из Иерусалимского патриархата и Палестины — уже упомянутый выше низверженный газский митрополит Паисий и самостоятельный архиепископ Синайской горы Анания, из Грузии митрополит Епифаний; из Сербии епископ Иоаким Дьякович; из Малороссии — епископ Черниговский Лазарь (Баранович) и епископ Мстиславский Мефодий (местоблюститель Киевской митрополии). Русских архиереев участвовало 15, а именно: митрополиты — Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, архиепископы — Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Стефан Суздальский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Иосиф Астраханский, Арсений Псковский; епископ — Александр Вятский. Вскоре к ним присоединились вновь избранный московский патриарх Иоасаф II и архиереи двух новооткрытых епархий: Белгородской — митрополит Феодосий и Коломенской — епископ Мисаил. Также присутствовало множество русских и иноземных архимандритов, игуменов, иноков и священников.