Характерно, что среди кандидатов на патриаршество не было ни одного архиерея. Это отчасти объясняется позицией, занятой некоторыми из них после низложения Никона. Так, митрополит Павел Крутицкий и архиепископ Иларион Рязанский всесоборно объявили, что «степень священства выше степени царского». «В этот драматический момент и выяснилось, что не напрасно Алексей Михайлович привечал греков. Последние были равнодушны к кровным интересам русских архиереев, не говоря уже о том, что выстраивали свои взаимоотношения с царской властью на иных началах. Потому оба восточных патриарха, под одобрительные голоса остальных греков, обвинили русских “князей церкви” в цезарепапизме и своим авторитетом помогли задавить новый бунт ещё в зародыше» (Андреев).
Особенно лез из кожи Паисий Лигарид, без меры льстя Алексею Михайловичу и заявляя, что «царю надлежит казаться и быть выше других» и соединять в своем лице «власть государя и архиерея» [62]. «Поистине, — заливался соловьём Лигарид, — наш державнейший царь, государь Алексей Михайлович, столь сведущ в делах церковных, что можно подумать будто целую жизнь был архиереем… Ты, Богом почтенный царю Алексие, воистину человек Божий… Вы боитесь будущего, чтобы какой-нибудь новый государь, сделавшись самовластным… не поработил бы церковь российскую. Нет, нет! У доброго царя будет ещё добрее сын его наследник. Он будет попечителем о вас. Наречётся новым Константином, будет царь и вместе архиерей…» В свете последующего «синодального пленения» господствующей Русской Церкви, осуществлённого сыном Алексея Михайловича Петром I, который не только подчинил Церковь государству, но и объявил самого себя её главой, эти «пророчества» старого иезуита звучат как мрачная насмешка и издевательство.
В результате на соборе было объявлено, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — в церковных. Однако это была не более чем этикетная формула. Гораздо чаще соборные заседания проходили в царской Столовой палате, чем в Патриаршей Крестовой. Иларион Рязанский и Павел Крутицкий были обвинены собором в том, что они «никонствуют и папствуют», и на них была наложена епитимья. Другие русские иерархи, по замечанию Паисия Лигарида, «пришли в страх от сего неожиданного наказания».
В конечном итоге царь отдал предпочтение троицкому архимандриту Иоасафу, который был «уже тогда в глубочайшей старости и недузех повседневных». Такой выбор свидетельствовал, видимо, о том, что Алексей Михайлович не хотел видеть во главе Русской Церкви деятельного и независимого человека. 10 февраля 1667 года на патриаршество был возведён новый патриарх под именем Иоасафа II.