Всего состоялось восемь заседаний собора по «делу Никона»: три предварительных, четыре — посвящённых собственно самому суду (два — заочных, два — в присутствии обвиняемого) и ещё одно — заключительное, на котором был оглашён окончательный приговор. Никон обвинялся в самовольном оставлении им патриаршей кафедры, оскорблении церкви, государя, собора и всех православных христиан, оскорблении восточных патриархов, самовольном свержении с кафедры и изгнании епископа Павла Коломенского, в следовании католическому обычаю, что выражалось в повелении Никона носить перед собой крест, а также в незаконном устроении монастырей за пределами Патриаршей области на землях, отнятых у монастырей других епархий. По результатам соборных заседаний Никон был приговорён к лишению сана патриарха и священства. Под приговором подписались два патриарха, десять митрополитов, семь архиепископов и четыре епископа. В ответ бывший патриарх, обращаясь к царю, сказал: «Кровь моя и грех всех буди на твоей главе», а вечером пророчествовал о том, что всех осудивших его участников собора ждут нестерпимые муки.
12 декабря 1666 года «вселенские» патриархи сняли с Никона чёрный клобук с херувимом и жемчужным крестом — знак патриаршего достоинства — и панагию и возложили на него простой монашеский клобук, сняв его с присутствовавшего здесь греческого монаха. Низложенному патриарху прочитали поучение, что он не может более называться патриархом и жить в Воскресенском монастыре, но должен отправиться в Ферапонтов монастырь, жить там тихо и немятежно и каяться в своих прегрешениях. В ответ Никон сказал: «Знаю-де и без вашего поучения, как жить, а что-де клобук и панагию с него сняли, и они бы с клобука жемчуг и панагию разделили по себе, а достанется-де жемчугу золотников по 5 и 6 и больше, и золотых по 10» …
Так бесславно оканчивалось патриаршество, некогда начинавшееся столь многообещающе. Никона, которого когда-то торжественно провозглашали патриархом в переполненном Успенском соборе в присутствии царя и многочисленного православного народа, на коленях со слезами умоляя его занять первосвятительскую кафедру, теперь расстригали тайно, в отсутствие и царя, и народа.
Последующие заседания Большого Московского собора проходили в Патриаршей Крестовой палате уже без участия Алексея Михайловича. Состоялись выборы нового патриарха Московского и всея Руси. 31 января 1667 года участники собора подали царю имена трёх кандидатов: Иоасафа, архимандрита Троице-Сергиева монастыря, Филарета, архимандрита Владимирского монастыря, и Саввы, келаря Чудова монастыря.