Нашёптывал и троюродный брат Ф.М. Ртищев («шиш антихристов», по словам Аввакума): «Сестрица, потешь царя-тово и перекрестися тремя перстами, а втайне, как хочешь, так и твори. И тогда отдаст царь холопей и вотчины твоя».
Феодосия всё чаще стала задумываться об иноческом постриге. Припадая к матери Мелании, она со слезами умоляла её благословить на этот подвиг. Но мудрая Мелания не спешила. Она прекрасно понимала, что при высоком положении боярыни такое событие не удастся утаить в доме и что рано или поздно весть об этом дойдёт до самого царя. При этом пострадают и те, кто совершил постриг, и те, кто вообще был близок к боярыне. С другой стороны, в брачную пору входил сын Морозовой Иван, и необходимо было сначала его женить и передать управление имением в его руки. Заниматься же устройством свадьбы — дело отнюдь не иноческое.
Но боярыня неотступно умоляла об иноческом постриге, и тогда мать Мелания, видя её горячую веру и великое усердие в делах благочестия, уступила. В 1670 году в Москву прибыл один из влиятельнейших вождей староверия игумен Досифей. Некоторое время он жил в Куржецкой пустыни в Поморье, затем был игуменом Никольского Беседного монастыря близ Тихвина, а после Собора 1666–1667 годов был вынужден скрываться от преследований на Дону. Он-το и совершил тайный постриг Морозовой в конце 1670 года. При постриге Феодосия Прокопьевна получила имя инокини Феодоры. Теперь она начала предаваться ещё большим подвигам благочестия: более строгим стал пост, увеличилась продолжительность келейной молитвы, всё чаще она стала прибегать к исихастской практике священнобезмолвия.
На 22 января 1671 года был назначен день свадьбы царя с молодой красавицей Натальей Кирилловной Нарышкиной (будущей матерью Петра I). Морозова как старшая боярыня обязана была присутствовать на свадьбе, но, будучи инокиней, она по церковным канонам не могла участвовать в придворных церемониях. Тем более по своей должности она должна была, произнося титул царя, называть его «благоверным», целовать его руку и подходить под благословение никонианских архиереев. На такую сделку со своей совестью боярыня Феодосия Прокопьевна пойти не могла; тем более не могла инокиня Феодора. Сославшись на болезнь ног, она отказалась присутствовать на царской свадьбе. Этим она нанесла глубокое оскорбление царской фамилии. «Вем, яко загордилася!» — кричал разгневанный царь Алексей Михайлович. С этого момента Морозова стала для него личным врагом.
Предчувствуя неминуемую опалу, Морозова приказала старице Мелании и другим инокиням скрыться из Москвы. В ночь на 16 ноября 1671 года боярыню вместе с сестрой, княгиней Евдокией Урусовой, взяли под стражу. Чудовский архимандрит Иоаким с «великою гордостию» вошёл в покои боярыни и приказал ей встать.