Главным оплотом сопротивления никоновским реформам на севере Руси оставался Соловецкий монастырь, с которым Аввакум в первые годы своей пустозёрской ссылки стремился установить связь через юродивого Феодора. На Феодора он возлагал важное поручение: «В Соловки те Федор хотя бы подъехал; письма те спрятав, в монастырь вошел, как мочно тайно бы, письма те дал, и буде нельзя, ино бы и опять назад совсем». Однако поручение это Феодору выполнить не удалось — как уже говорилось выше, в марте 1670 года он был повешен на Мезени.
Еще в 1666 году соловецкий архимандрит Варфоломей отправился на собор в Москву, где открыто перешёл на сторону никониан. Здесь он донёс властям об упорстве соловецких иноков, не желавших принимать никоновскую реформу. В ответ была снаряжена особая комиссия во главе с архимандритом Спасо-Ярославского монастыря Сергием, которая 4 октября того же года прибыла на Соловки.
По прибытии комиссии в обитель вновь был созван «чёрный» собор, на котором соловецкие иноки говорили: «Прежде от Соловецкого монастыря вся Русская земля просвещалась всяким благочестием, и ни под каким зазором Соловецкий монастырь не бывал, сиял как столп и утверждение. А теперь вы учитесь новой веры от греков, когда греческие учители сами лба перекрестить по подобию не умеют и без крестов ходят». После долгих споров и пререканий о вере архимандрит Сергий несолоно хлебавши возвратился в Москву.
Вслед архимандриту была послана царю челобитная (вторая по счету), в которой говорилось: «Прислан к нам с Москвы в твое царьское богомолье, в Соловецкой монастырь, Ярославля Спаского монастыря архимарит Сергей с товарыщи учити нас церковному закону [по] преданным книгам… И милости у тебя, великого государя, вси со слезами богомолцы твои и раби твои государевы молим и просим: помилуй нас, благочестивый, милосердый великий государь, царь и великий князь Алексей Михайловичь всея Великия и Малыя и Белыя Росии самодержец, посли нам, якож Отец Небесный, всещедрую свою и великую милость, не вели, государь, ему, священноархимариту Сергею, прародителей твоих государевых, благоверных царей и благочестивых великих князей, и началников наших и великих чюдотворцов, преподобных и богоносных отец Зосимы и Саватия и Германа и преосвященного Филиппа, митрополита Московского и всея Русии, предания нарушать. И вели, государь, в том же предании быти нам, в коем чюдотворцы наши и прочии святии отцы, и отец твой, великого государя, благочестивый великий государь, царь и великий князь Михаило Федоровичь всея Русии, и дед твой государев, блаженный Филарет Никитичь, Московский и всея Русии патриарх, богоугодным своим житием препроводиша дни своя, чтоб нам, богомолцам твоим и трудником, врознь не розбрестися и твоему, великого государя, богомолию, украинному и порубежному месту, от безлюдства не запустеть»