Появление болезней часто связано с количеством искусственных кормов и минеральных добавок, которые с целью стимулирования развития естественной кормовой базы вносятся в водоемы, часть их не поедается рыбой и вместе с экскрементами рыбы значительно загрязняют водоемы органическими веществами, что негативно сказывается на здоровье рыбы, ее устойчивости к заболеваниям. Образование в водоемах большого количества естественных кормовых организмов (дафний, рачков-циклопов и др.) усложняет эпизоотическую ситуацию, поскольку многие из них являются носителями инфекционных заболеваний или промежуточными хозяевами многих возбудителей инвазионных заболеваний рыбы.
Возникновение заболеваний тесно связано со многими факторами, влияющими на жизнь рыб в водоеме. Так, например, избыток сероводорода или недостаток кислорода в прудовой воде, влияние сточных вод, попадающих в пруды, и другие отрицательные факторы понижают устойчивость рыб к заболеваниям, способствуют распространению болезней. Поэтому при постановке диагноза необходимо не только определить возбудителя, но и учитывать факторы, которые могли бы спровоцировать вспышку болезни или стать непосредственной причиной ее.
Зарастание водоемов водной растительностью способствует развитию всевозможных болезнетворных бактерий и зоопаразитических форм, обитающих в воде (червей-сосальщиков, вшей, рачков и др.), моллюсков, что может вызвать вспышку заболеваний в пруду.
Кроме того, определенные трудности создают и антропогенные загрязнения, приводящие к нарушениям экологических условий в водоемах, отравлению рыбы, снижению качества рыбопродукции.
Для предотвращения заболеваний рыб обязательным является проведение лечебно-профилактических мероприятий. Большую роль в профилактике заболеваний играют выполнение рыбоводно-биотехнических мер, соблюдение технологии выращивания рыбы, использование доброкачественных кормов, особенно при выращивании рыбы в садках и бассейнах.
Чрезмерная плотность посадки, резкие колебания температуры воды, недостаток кислорода и другие стресс-факторы вызывают снижение общей резистентности организма рыб. У ослабленных рыб заболевания могут быть вызваны вирулентными или условно-патогенными микроорганизмами, в том числе типичными представителями водной микрофлоры. К таким заболеваниям относятся миксобактериозы, бактериальная геморрагическая септицемия (краснуха, или аэромоноз), некоторые инвазии.
Для профилактики заболеваний эффективно содержать вместе разных рыб, например, выращивание карпа с белым и черным амурами, белым и пестрым толстолобиками. Эти рыбы не только более устойчивы к опасным для карпа заболеваниям, но и при их совместном выращивании значительно улучшают экологическое состояние водоемов. Одновременно снижается уровень паразитарных заболеваний, поскольку эти рыбы поедают зоопланктон и бентос, отдельные представители которого являются промежуточными хозяевами многих эндопаразитов.