После Смуты произошло сближение, а затем и слияние «верховцев» и «низовцев» в одно войско. Этому способствовала политика российского правительства, которое именно с «низовцами» вело сношения, называло их «Великим войском» и платило жалованье.
Новая единая военная структура продолжала носить прежнее название – «войско». Она располагала полнотой власти в пределах всей территории. В качестве самостоятельного государственного образования Великое войско Донское было признано Запорожьем, Польшей и Ираном.
В Войске был единый центр, где находился войсковой атаман, собирался Круг и войсковой суд. Сначала это был городок Раздоры, в конце ХVI века центр переместился в низовья Дона, в городок, название которого точно неизвестно, но в грамотах того времени его уклончиво называют «Стыдное имя». В 1613 году новым центром стал городок Монастырский, расположенный немного ниже городка Черкасского.
Власть Войска на Дону считалась единственной и непререкаемой. Войско пресекало возникновение самостоятельных независимых поселений, и если они появлялись, безжалостно их разоряло. Строго соблюдалась система обычаев и запретов, сложившихся на Дону. Все так же под страхом смерти запрещали пахать землю, что, по мнению Войска, вело к экономическому неравенству и падению боеспособности.
Вот так в начале ХVII века сложился тип казака – универсального воина, одинаково способного участвовать в морских набегах, сражаться на суше в конном и пешем строю и, как показало недалекое будущее, прекрасно знающего фортификацию, минное и подрывное дело.
Значительная часть казачества дорожила независимостью Дона и понимала, что царское жалованье влечет за собой экономическую зависимость от Москвы. Выход виделся в захвате крупнейшего экономического центра Причерноморья – города Азова. Опираясь на него, Войско Донское держало бы под контролем Азовское море и другие важные торговые пути.
В 1636 году, после очередного опустошительного набега крымских татар, русское правительство стало строить засечную черту – огромную по протяженности систему укреплений. Но, отгораживаясь от татар, Москва одновременно отгораживалась и от казаков. По крайней мере, многие казаки восприняли это именно так.
9 апреля 1637 года на Войсковом круге донские казаки решили взять Азов, не ставя в известность российское правительство. С 21 апреля началась осада, которую возглавил атаман Михаил Татаринов. В союзе с донцами были запорожцы. Одни казаки отвлекали турок перестрелкой из-за плетеных туров, другие день и ночь вели подкоп под стены. Руководил подкопами казак «родом из немецкой земли» Иван Арадов. 16 июля взрыв разрушил часть стены. Казаки бросились в пролом. С другой стороны крепости донцы и запорожцы полезли на стены по лестницам. К концу дня Азов был взят, турецкий гарнизон перебит. Казаки объявили Азов центром Войска Донского.