Так же как и в христианстве, иудаизме и зороастризме, в учении Мани содержалась идея Страшного суда, идея прихода мессии; последователи Мани признавали Христа, Будду, Заратуштру. Сам Мани писал об этом так: «Мудрость и (добрые) дела неизменно приносились людям посланниками бога. Раз они были принесены в Индию, через посланника, именуемого Буддой, другой раз — в Иран, через посредство Зардушта (= Заратуштры), другой раз — в страны Запада, через посредство Иисуса. В настоящий последний век написано вот это откровение в страну вавилонскую и объявилось пророчество в лице моем, Мани, посланника бога Истины». По учению Мани, основное в человеке — даже не душа, которая, как и весь мир, порождена злом, а «искра божьего света», и задача истинного праведника — способствовать ее освобождению. Этого можно достичь лишь крайней степенью аскетизма. Истинный праведник, кроме того, должен поститься определенное количество раз в году, исповедоваться главам общин, заботиться об «избранных», т. е. о религиозных наставниках. «Избранные» должны воздерживаться от некоторых видов пищи, соблюдать обет безбрачия, не должны даже касаться руками всего «тленного и злого». Их задача — молиться за свою паству, за то, чтобы души попали в «царство света», пройдя предварительно целый цикл превращений, являясь на земле снова и снова, пока наконец сами не станут «избранными». Основной акцент учения Мани — крайний пессимизм, отрицание любых активных действий (кроме проповеди учения), замкнутость и обособленность (последователь учения, например, не должен делать добра никому, кто «против священного долга»). В III в. учение Мани возбуждало в Риме и в Иране интерес горожан и простого народа, но преимущественно все же образованных людей, потому что тогда эта вера была еще во многом философией. Громадное значение для распространения манихейства в это время имела гибкость организации его адептов и в особенности хорошо поставленная пропаганда. На востоке Ирана при жизни Мани действовали двенадцать проповедников его идей; в Мерве, тоже при жизни Мани, существовала большая манихейская община, многочисленные общины были в Месопотамии.
Стройная замкнутая структура общин последователей учения Мани, таинственность мистических обрядов, изучение «гороскопа, судьбы и звезд», слава манихеев как превосходных врачей, знающих самые сильные заклинания, — все это привлекало к ним и тех, кому не было дела до «познания сущности бытия». Но разные школы и секты манихеев развивали свои особые идеи, во многом отличные от первоначальных. Западные общины манихеев были особенно близки к иудео-христианам, на Востоке они ближе смыкались с различными неортодоксальными сектами зороастризма.