В хаосе различных вероучений, сект и школ эпохи падения эллинизма шли поиски единого «религиозного языка», напряженная борьба, ценою больших жертв подготовившая почву для успеха «великих религий». Но именно зороастризм как религия, традиционная для Ирана, мог скорее всего занять в переработанном виде место идеологического фундамента централизованного государства, и поэтому увлечение манихейством Шапура I и части иранской знати было лишь эпизодом. Во вновь завоеванные области вместе с сасанидскими войсками шли и зороастрийские жрецы Картира.
Судьба «пророка» Мани была трагична. Он был казнен через несколько лет после смерти своего царственного покровителя; его учение было объявлено вреднейшей ересью, и, несмотря на отдельные благоприятные для манихеев обстоятельства, члены этой секты (зиндики) вынуждены были действовать тайно.
Манихейство — одно из тех учений, которые Картир называл «верой дэвов». Другим учением, стоявшим в оппозиции к зороастризму, но гораздо более распространенным, было христианство (в надписях Картира «назареи и христиане»). Христианские общины (часть из которых затем оформилась в епископства) появились в Иране в начале III в. Их роль в жизни империи особенно усилилась в IV в., когда было основано много новых христианских общин по всему Ирану вплоть до Мерва. Сасанидские монархи преследовали христиан, исходя из принципа, который поздние авторы приписывают Шапуру II: «Они населяют нашу землю, но разделяют чувства императора, нашего врага».
В 484 г. сирийская церковь в Иране официально приняла несторианское вероисповедание, в византийском православии считавшееся ересью, и порвала с византийской церковью. Кроме того, в Иране и особенно в Закавказье (в Армении и Алвании), был распространен монофизитский толк христианства, который в Византии также считался еретическим. В конце V в. несториане и монофизиты были легализированы иранским правительством.
Громадная роль Картира при дворе первых сасанидских монархов привела к тому, что государство быстро шло к теократии. Молодой шаханшах Варахран II полностью находился под влиянием Картира и его партии, провозгласившей даже доктрину «идеального государя». Согласно этой доктрине, государь должен быть религиозен, всегда доверять своему духовному наставнику, действовать согласно догматам веры. Но переворот Нарсе (293 г.) привел, в частности, к реставрации династийного культа — жрецами Анахиты снова стали сами повелители Ирана, и в Парсе на рельефе в Накш-и Рустаме Нарсе венчала на царствование эта богиня. «Реставрация» подвела итог, и напряженной борьбе различных придворных групп и жречества, разгоревшейся вокруг концепции власти царя царей, — вновь возобладала идея единства «светской» и «духовной» власти шаханшаха.