Разные датировки, полученные в результате научных анализов, не приносят большой пользы. Их нельзя соотнести со строительством и заселением города; они доказывают лишь, что кто-то ел черепаху в Нан Мадоле в конце ХIII века или разбил керамический горшок во времена Христа. Надежные образцы для радиоуглеродного анализа невозможно получить из-за высокой влажности, которая приводит к ускоренному гниению органических материалов и уничтожает их за очень короткое время. «Часто повторяемый вопрос об истинном возрасте Нан Мадола до сих пор фактически остается без ответа», — пишет Джон У. Брандт в журнале Archaeology.
Более надежным, чем радиоуглеродная датировка, для определения временных параметров Нан Мадола может стать измерение подъема уровня моря. Еще в 1885 году в журнале Science была опубликована статья, где, в частности, говорилось: «Необычная особенность этих островков в том, что стены находятся на глубине одного фута или больше под водой. Когда они были построены, очевидно, стояли над водой и имели связь с главной сушей, но постепенно погрузились в море».
В 1970-е годы, еще до провозглашения независимости на Понпее, остров впервые профессионально обследовал доктор Артур Сакс из Орегонского университета по поручению Управления подопечных территорий США. С удивлением узнав о странных подземных тоннелях, ведущих к подводным пещерам, он распространил свои работы на прибрежные воды. Сакс и ныряльщики из его команды обнаружили линию валунов одинакового размера, идущую перпендикулярно подводному обрыву на глубине примерно 85 футов в гавани Madolenihmw. Она исчезала в песчаном дне на глубине около 10 футов. Когда ученые установили намеренную ориентировку груды валунов между двумя островами — Pienior и Nahkapw. стало ясно: она искусственно создана. Именно здесь, по местному преданию, находились затонувшие руины, известные под названием Kahnihmw Namkhet.
Миф обрел материальные очертания, когда Сакс и его сотрудники обнаружили ряд каменных колонн высотой 17 и 25 футов, находящихся на глубине 10–60 футов. Островитяне рассказали им о втором подводном монументе с огромными воротами, или аркой, в глубоком тоннеле между Nahkapw и Nanmwoluhei. Там были найдены другие колонны, стоявшие или упавшие на дно океана, хотя большие ворота так и не удалось увидеть. В целом вокруг Нан Мадола было описано 12–15 подводных стоячих камней.
Несколько лет спустя ныряльщики, выполнявшие заказ для японского телевидения, запечатлели еще более десяти каменных колонн, расположенных двумя рядами на дне гавани Madolenihmw. Узнав об их открытии, руководство австралийского телевидения отправило свою команду для подводных съемок глубин вокруг острова Nahkapw. Там покрытые коралловыми наростами колонны, ранее осмотренные Саксом, были перемещены на новое место и использованы для съемок документального фильма «Таинственный остров Понапе». После телетрансляции экземпляр картины вручили директорам микронезийского Коммьюнити-колледжа в Колонии.