В 1990-е годы Чайлдрес предпринял решительные поиски подводных руин Kahnihmw Namkhet и затерянных ворот, некогда стоявших между островами Nahkapw и Nanmwoluhei. Ни ему, ни ныряльщикам не удалось найти ни то, ни другое. «Впрочем, мы обнаружили немало признаков существования подводных сооружений к югу от острова, что придает достоверность преданию о затонувшем городе под островом Nahkapw», — сообщил он. На южной стороне острова, к востоку от Нан Мадола, Чайлдрес и его помощники наблюдали неестественно прямые линии остатков каменных стен, густо облепленных кораллами, проходившие через риф, а также несколько каменных колонн, вес каждой из которых они определили приблизительно в 10 тонн. При отливе верхушки некоторых монолитов показывались над водой.
Подводные находки не только свидетельствуют о том, что первоначальный масштаб строительства Нан Мадола был существенно большим и превосходил надземную часть комплекса, но и предоставляют более достоверные сведения об эпохе сооружения монументов, чем противоречивые радиоуглеродные датировки. Затонувшие колонны и сформированные тем или иным образом валуны встречаются в окрестностях Нан Мадола на глубине до 75 футов. Сакс и его коллеги видели как минимум одну каменную конструкцию, практически поглощенную песком на морском дне на глубине 92 фута, что дает максимальную глубину в 100 футов поиска для возможного археологического материала на острове Понпей. Уровень моря не был таким низким со времени окончания последней ледниковой эпохи. Линия валунов между островами Pieniot и Nahkapw, которая теперь находится на глубине 75 футов, могла быть установлена на суше примерно 12 000 лет назад. Хотя на Понпее не обнаружено стоячих колонн, подводные монументы не слишком отличаются от архитектуры Нан Мадола и наводят на мысль, что он был построен на месте более древнего города, погрузившегося в океан. Преемственность строительной техники указывает на существование единого плана.
Очевидно, каналы Нан Мадола были проложены спустя много времени после установки и последующего затопления колонн и валунов: 12 000 лет назад нынешние каналы находились на высоте 100 футов над уровнем моря. То есть они могли функционировать лишь после того, как уровень моря почти достиг своей нынешней высоты, примерно 5000 лет назад. Это приводит к выводу, что Нан Мадол впервые появился примерно за 10 000 лет до н. э. на земле, которая сейчас находится на глубине 100 футов ниже уровня моря. После окончания ледниковой эпохи жители надстраивали свой город по мере повышения уровня моря; нынешний был достигнут примерно за 3000 лет до н. э. Находка археологических сооружений на глубине 95, 75, 20 и 10 футов определяет этапы древнего строительства, поспевавшего за подъемом воды.