Официальная церемония прощания и отпевания началась около часа дня. В храме осталось несколько сот простых москвичей, кто уже успел войти, но здесь собрались и люди, как писали газеты, «не из электората, а из элиты». Нет необходимости говорить обо всех. Из дальнего зарубежья для прощания с Ельциным прибыли бывшие президенты США Билл Клинтон и Джордж Буш-старший, бывший премьер Великобритании Джон Мейджор, экс-президенты Польши Лех Валенса, Финляндии Мауно Койвисто, Болгарии Желю Желев, бывшие премьеры Канады Жан Кретьен, Италии Джулио Андреотти, бывший президент Швейцарии Флавио Котти. Прибыли в Храм Христа Спасителя средний сын британской королевы Эндрю, президент ФРГ Хорст Келер, еврокомиссар по внешним связям Бенито Ферреро-Вальднер. Из Литвы прибыли бывший и действовавший президенты Валдас Адамкус и Альгирдас Бразаускас. Из Латвии приехал экс-президент Гунтис Улманис, из Эстонии — действующий президент Тоомас Хендрик Ильвес. От других стран были только послы.
Для прощания с Ельциным прибыл и бывший президент СССР Михаил Горбачев. В храме были почти все бывшие премьеры России: Егор Гайдар, Геннадий Бурбулис, Виктор Черномырдин, Сергей Кириенко, Сергей Степашин, Михаил Касьянов. Из стран СНГ прибыли президенты Белоруссии Александр Лукашенко, Казахстана Нурсултан Назарбаев, Армении Роберт Кочарян. Из Украины приехали бывший президент Леонид Кучма и тогдашний премьер Виктор Янукович. От Киргизии здесь был бывший президент Аскар Акаев и тогдашний премьер Алмазбек Атамбаев, от Таджикистана — премьер Акил Акилов. Из Грузии прибыла спикер парламента Нино Бурджанадзе.
Согласно православным канонам, всю ночь на 25 апреля над гробом усопшего читали Псалтырь, от начала до конца, все псалмы подряд. Это делали семинаристы. Утром владыка Арсений отслужил заупокойную литургию. Незадолго до двух часов дня в Храм приехали Владимир Путин и его супруга Людмила. Они простились с покойным и подошли к его родственникам. Все другие ведущие политики и чиновники России были уже здесь. В два часа дня к отпеванию приступил старейший член Священного синода митрополит Ювеналий в сослужении митрополитов Кирилла и Климента. Хотя Б. Ельцина отпевали по чину мирянина, во время богослужения его именовали «первым президентом России Борисом Николаевичем».
Отпевание закончилось к четырем часам дня. Гроб с телом Бориса Ельцина торжественно вынесли из западного портала Храма и установили в черном катафалке. В сопровождении мотоциклистов весь траурный кортеж проехал по Волхонке и свернул на набережную в сторону Новодевичьего монастыря. Здесь гроб переставили на пушечный лафет, который был прикреплен к бронетранспортеру. У ворот кладбища собралось около пяти тысяч человек, звонили монастырские колокола. Но кладбище — это не площадь, и к могиле на центральной аллее пропустили только около двухсот человек, они шли по бокам и сзади лафета с гробом. Гроб опустили в землю под артиллерийские залпы в 16 часов 55 минут.