В 1541 г. была реорганизована инквизиция. В Риме располагался верховный трибунал во главе с кардиналом Караффой, его комиссары направлялись во все католические государства. Инквизиция стала выполнять и функции цензуры, без ее разрешения не дозволялись никакие публикации. Папой был утвержден Индекс запрещенных книг. За их продажу, хранение, чтение грозили кары вплоть до сожжения — и за недоносительство тоже. А в 1545 г. по инициативе Павла III начал работу Тридентский собор. Перед ним ставились задачи, с одной стороны, положить конец раскольничеству, а с другой, оздоровить католическую церковь и исправить ее пороки, послужившие толчком к Реформации.
Император после бесконечных переговоров тоже применил силу. Немецкие лютеране настолько обнаглели, что вынесли принципы своего вероисповедания на рейхстаг в Аугсбурге и требовали распространить их на всю империю. Карл V разгневался, прервал работу рейхстага и объявил войну еретикам. Но протестантские князья сплотились и сформировали Шмалькальденскую лигу во главе с Филиппом Гессенским и Иоанном Фридрихом Саксонским. В 1546 г. Германию расколола Шмалькальденская война. Императору удалось перетянуть на свою сторону одного из сильных князей, прекрасного полководца Морица Саксонского. В 1547 г. в битве при Мюльберге лютеран разгромили. Начались репрессии.
А брат императора король Фердинанд наводил порядок в Чехии. Когда ее вместе с Венгрией принимали под власть Габсбургов, чехам обещали сохранить все их политические и религиозные свободы. Пользуясь этим, здесь множились протестанты, вовсю развернули агитацию, а местная знать и городские верхи принялись качать свои права, грозя выйти из повиновения вслед за немцами. Но сейм в 1547 г. получил название «кровавого». Четырех депутатов, возглавивших оппозицию, Фердинанд отправил на плаху. Было урезано самоуправление городов, распущены областные суды, запрещались собрания населения без разрешения короля.
Для решения внутренних проблем своей империи Габсбурги смогли в это время задействовать и войска, и все свои ресурсы, потому что ударов со стороны Франции, можно было не опасаться. Она оказалась отвлечена другими проблемами: умер Франциск I. В возрасте 56 лет король выглядел полной развалиной. В то время европейские хирурги уже делали вскрытие покойников, и у него обнаружили «прогнившие внутренности», «испорченные желудок, почки и легкие». Историки до сих пор гадают, умер ли он от туберкулезного гнойника или застарелого сифилиса. На престол взошел Генрих II.
Его коронация состоялась в том же 1547 г., когда короновался Иван Грозный, но церемония была очень даже не похожей на российскую. Генриха, как это было принято во Франции, короновали в Реймсе. У ворот его встретили губернатор и горожане. На стене было сделано огромное солнце, из него спустилась полураздетая девушка и вручила королю ключи от города. На главной площади было устроено подобие горы, и на ней «обнаженные дамы и наряженные сатирами мужчины изображали смелые сценки» [12]. Обряд коронации проводил кардинал Шарль де Гиз, которому исполнилось всего 18 лет (а архиепископом он стал в 9 лет). Но современников-французов шокировали вовсе не зрелища перед входом в Реймский собор и не возраст кардинала. При коронации рядом с королем стояла не королева, а фаворитка! А Екатерину Медичи скромненько усадили в сторонке.