Душой заговора против иллюминатов был придворный духовник Франк, сумевший овладеть вполне курфюрстом. Тайный иезуит, он в своих письмах к единомышленникам с радостью сообщал, что пробил последний час иллюминатов, что он с напряжением всех сил работает над их уничтожением во имя религии Христовой для славы отечества, для спасения юношества. Результатом всех этих интриг был указ курфюрста Карла-Теодора от 22 июля 1784г., которым предписывалось закрыть все масонские и иллюминатские ложи.
Тщетно франкмасоны и иллюминаты защищались, уверяя, что не замышляют ничего против правительства, напрасно подавали докладные записки, ходатайствуя о суде и следствии, предлагали рассмотреть орденские бумаги — они должны были подчиниться силе. Вслед за этим 2 мая 1785 г. следует новый указ, закрывавший все тайные общества. Немедленно начались преследования иллюминатов. Адам Вейсгаупт был уволен в отставку, присужден к публичному исповеданию своей веры перед академическим сенатом и, наконец, изгнан из Ингольштадта. Он поспешил тайком покинуть город, оставляя на попечение друзей тяжко больную жену, и удалился в Регенсбург, где нашел приют и покровительство у тайного иллюмината герцога Эрнста Саксен-Готского, который пожаловал изгнаннику титул гофрата. На Вейсгаупта градом посыпались обвинения его бывших друзей и врагов: главу иллюминатов обличали в кровосмешении, детоубийстве, во всевозможных пороках. Он энергично защищался и дожил благополучно до 1830 г.
Преследование продолжалось. Особая тайная комиссия призвала к ответу вышедших ранее из ордена профессоров Козандей и Реннера. Они представили письменный отзыв-донос, в котором рядом с прежними обвинениями поместили список известных им членов ордена. Полицейские обыски дали в руки правительству бумаги ордена. Ряд новых указов курфюрста довершил разгром.
Высокопоставленные иллюминаты, принадлежавшие к высшей знати, отделались одним страхом. Для них достаточно было одного отрицания всякой принадлежности к ордену. Тем с большей энергией обрушилось преследование на других: одни были подвергнуты административной высылке из пределов Баварии, другие заключены в монастыри и тюрьмы. Немногие, подобно Вейсгаупту и его другу Цваку, спаслись бегством. «Несчастные, — говорит Мирабо, — подверглись всему, кроме смертной казни и пыток. Но так силен был дух времени, что смертной казни не осмелились пустить в ход, несмотря на весь тиранический характер преследования».
Так был разгромлен Орден иллюминатов-просветленных — оригинальное сочетание идей просвещения — глубокой веры в могущество знания и его нравственно-воспитательную силу с масонскими формами и иезуитской тактикой.