Новая партия стремилась к преобразованию государственного строя на основах учения Пифагора. Отказавшись поддерживать как идею развития государства древнейших родов, так и смелые притязания демократии, пифагорейцы способствовали тому, что власть перешла в руки аристократии ума и образования.
Но вследствие этого союз навлек на себя всеобщую непримиримую вражду и жестокую ненависть. Больше всего ненавидела его деятельная, достигшая глубокого самосознания народная партия, в особенности с тех пор, как союз стал проявлять безграничное высокомерие. Гордые своей высокой ученостью, они резко расходились в представлении о земном и загробном существовании с наивной народной верой; превознося свое учение, свою добродетельную жизнь, они горделиво замыкались в своем кругу, «не желая смешиваться с толпой», и своими таинственными знаками и символическим языком вызывали в народной массе открытую вражду.
При таком поведении избранных рано или поздно должна была наступить катастрофа. Долго сдерживаемое недовольство прорвалось раньше всего в Кротоне. Когда после разрушения демократического Сибарита (500 г. до Р. X.), черни не было уплачено обещанное вознаграждение, вспыхнуло страшное восстание. С бешеной яростью городская чернь напала на ненавистных пифагорейцев. Красивый дом их общины был разрушен и сожжен, собравшиеся там члены большей частью перебиты. Такие же восстания поднялись и в других ахейских городах. Пифагорейцев повсюду преследовали и убивали, долголетнее влияние и значение их союза в родной стране было подорвано в корне.
Среди немногих, избегнувших ужасного избиения в Кротоне, был также и сам знаменитый мудрец. Здравым и невредимым он прибыл в Метанонт. Там он и умер, достигнув глубокой старости, в 500 г. до Р. X.
Учение Пифагора продолжало жить в сердцах его учеников и приверженцев и дальнейшее свое развитие получило в Таренте. Важные результаты естественнонаучных изысканий, которые, при неясном представлении о физических законах, в искусных руках жрецов оказывались прекрасной поддержкой благочестивым обманам древности, мистические стремления и склонность человеческого сердца ко всему таинственному, чудесному, непостижимому не дали исчезнуть пифагорейству. Правда, в течение последующих веков все более и более оно вытеснялось другими философскими системами.
Но пифагорейство мощно расцвело вновь в ту эпоху, когда человечество, достигнув чрезмерной утонченности и пресытившись всевозможными наслаждениями, лишилось высшей цели жизни; когда «неверие и суеверие — различные стороны одного и того же исторического явления — шли рука об руку, многие, соединяя в себе оба эти настроения, подобно Эпикуру, отрицали богов и все же преклонялись и приносили жертвы перед каждым алтарем»; когда измученное сердце человека жаждало освобождения от тяжелых оков философской диалектики и от обременительных целей уже мертвой народной религии; когда среди апатии и всеобщего смятения стала сказываться потребность в глубокой духовной жизни, побуждавшая слабые натуры искать прибежища в гуманном мистицизме и сложных, запутанных учениях; когда охватившее верующих отчаяние толкало их к тайным греческим и восточным мистериям и культам, опутавшим слабый человеческий разум обманчивыми представлениями