Прошло полтора столетия. Казалось, судьба древних античных книг должна быть предана забвению. Но в конце XIX века выступили крупные русские ученые. Прежде всего — палеограф Н. П. Лихачев. Он согласился, что и Веттерман и Максим Грек могли видеть содержимое библиотеки, но решительно восставал против перечня книг, обнаруженного Дабеловым. Затем слово взял знаток старой Москвы И. Е. Забелин. Он не отрицал наличия библиотеки. Более того, предположил, что книгохранилище находилось в ведении царского казначея Н. Фуникова (недаром он был в подземелье, когда книги показывали Веттерману). Ученый полагал также, что библиотека Ивана Грозного могла помещаться в какой-нибудь сводчатой подклети, недалеко от жилых деревянных царских хором. Вместе с тем, по его мнению, библиотека погибла в большом пожаре 1571 года.
Веские аргументы в пользу таинственной либереи привел академик А. И. Соболевский. «Сундуки с книгами где-то существуют, засыпанные землей или невредимые, и от нашей энергии и искусства зависит их отыскать», — делал он окончательный вывод.
Пока шло обсуждение, вспыхивали споры, директор Оружейной палаты князь Н. С. Щербатов вновь организовал (в конце прошлого века) раскопки в Кремле. Однако и они ничего не дали. Тогда были обследованы две кремлевские башни — Троицкая и Арсенальная, но и их тайники оказались пустыми. Тогда же, получив разрешение от Александра III, принялся за поиски немецкий ученый Тремер. Никаких результатов он тоже не добился, а уезжая на родину, изрек: «Наука поздравит Россию, если ей удастся отыскать свой затерянный клад».
Неоднократно предпринимались подобные попытки и после победы Советской власти. Часть подземной территории Кремля изучалась, например, при строительстве Дворца съездов в 1959–1960 годах. Много сил отдал этому археолог-любитель И. Стеллецкий, и — безуспешно.
Несколько лет назад была создана комиссия по розыскам библиотеки Ивана Грозного. Ее три года возглавлял академик М. Н. Тихомиров. Это ему принадлежат слова: «Библиотека московских царей с греческими и латинскими рукописями — это факт, не подлежащий сомнению». В небольшой, но удивительно емкой работе он указывает, что в ту далекую пору греческие книги не были редкостью на Руси. Их доставляли представители духовенства, художники, ремесленники, купцы. «Наконец, вспомним, — пишет М. Н. Тихомиров, — о приезде в Москву наследницы византийских императоров Софьи Фоминичны Палеолог, вышедшей замуж за Ивана III. С ней приехали многие греки. И неужели Софья и ее многочисленные спутники не имели с собой книг на родном языке? Факт совершенно невероятный. А ведь великий князь Василий Иванович, по сказанию, владевший библиотекой, был сыном Софьи. Возникает законный вопрос: если у русских существовала потребность в греческом языке, то куда же делись греческие книги, привозимые в Россию?»