Тайвань, защищаемый американским флотом, продолжает оставаться проблемой номер один для КНР. Он является основной базой для американской разведки, работающей против коммунистического Китая. Опираясь на территорию острова, спецслужбы США пытаются восстановить потерянный контакт с китайским материком. Отсюда совершаются разведывательные полеты на материковую часть КНР, перебрасываются диверсионные группы, ведется подрывная работа. Китай всегда считал Тайвань своей территорией и не раз пытался присоединить остров к материку. Поэтому тайные операции против Тайваня являются основными в Юго-Восточной Азии. Спецслужбы КНР применяют весь комплекс оперативных разведывательных мероприятий: шантаж, подкуп, различного рода провокации и т. д. О деятельности китайских спецслужб на Тайване рассказал китайский разведчик Ли Чжинхао, работавший на тайваньцев, в 1999 г. его схватило МГБ и расстреляло.
По данным спецслужб Тайваня, китайские хакеры переодически взламывают сети госструктур острова. Целями взломщиков являются сайты вооруженных сил, министерств юстиции, экономики и Национальной ассамблеи.
Напуганные размахом китайского шпионажа, тайваньские власти разработали и утвердили специальный пятилетний план, направленный на противодействие разведывательной и иной деятельности спецслужб материкового Китая. По данным на 1998 год, за несколько предшествовавших лет спецслужбы Китая забросили на остров до 600 своих агентов, при этом сам Тайвань потерял в Китае за 50 лет 3 тысячи своих агентов. Причем по данным тайваньских спецслужб приоритетом в агентурной работе для разведчиков КНР стали тайваньцы, находившиеся в прошлом на военной службе и занявшиеся после отставки бизнесом на материке. Главной мишенью среди них выступают те, кто служил в тайваньских подразделениях связи, ПВО и разведки.
В августе 2003 года на Тайване были арестованы два человека по подозрению в шпионаже в пользу Китая. По данным тайваньской контрразведки, 54-летний бизнесмен Йен Ю Чен получал секретную военную информацию о разработках в области ПВО от двух специалистов Института высоких технологий и передавал ее Китаю.
Засылка агентов идет с переменным успехом, а официальные ноты о поимке шпионов напоминают фронтовые сводки. Последние шпионские скандалы показали, что Тайвань постепенно теряет инициативу в борьбе против коммунистического Китая, особенно в области сбора разведывательной информации. Даже президент Тайваня недавно публично заявил, что количество собранных о материковом Китае разведданных резко сократилось. Пока островом правила железной рукой партия Чан Кайши Гоминьдан, с внутренней безопасностью все было нормально. По данным СМИ тайваньцы не могли не только выезжать из страны (на острове существовал режим выездных виз, предельно жесткий и напоминающий советский), им даже запрещалось купаться в море, поскольку вместо курортов все побережье усеяно военно-морскими базами. Однако с потеплением отношений в 90-е годы тайваньцы стали выезжать за рубеж, в том числе на материковый Китай. Причем не столько по ностальгическим соображением, сколько по делам бизнеса — к тому времени в Китае были организованы специальные экономические зоны, куда преуспевающие тайваньцы стали вкладывать деньги. При этом многими из этих бизнесменов оказались отставные офицеры, чем и воспользовалась китайская контрразведка.