Шанс на обретение государственности появился в 1944 году, когда уйгуры силой оружия освободились от «опеки» Китая. Была создана Восточно-Туркестанская республика. Однако этому государству не суждено было состояться — лидеры республики погибли во время авиакатастрофы, направляясь с визитом в Советский Союз. Считается, что она была подстроена спецслужбами СССР, который выступал за единство Китая под властью коммунистов.
Уйгуры не раз выступали против китайских властей. Так, в 1990 году недалеко от города Кашгар вспыхнуло вооруженное восстание, центром которого был поселок Барин. По неофициальным данным, столкновения начались после того, как власти закрыли доступ верующим в мечеть. Возмущение выплеснулось на улицы.
Манифестанты разоружили полицию и объявили джихад. Мятеж был жестоко подавлен. Силы безопасности провели массовые обыски и аресты. За решеткой оказалось более шести тысяч человек. Шесть руководителей восстания были расстреляны. Некоторые участники восстания по поддельным документам перешли границу и укрылись в тогда еще советских республиках Средней Азии.
Несмотря на поражение, местные сепаратисты продолжали держать Пекин в напряжении. Для координации своих действий они создали на территории России, Казахстана и в Западной Европе «информационные» центры, получавшие инструкции из координационного центра в Пакистане.
Природные условия Синьцзяна способствуют ведению партизанской войны: горы, степи, пустыни и полупустыни, раскинувшиеся на тысячи километров. 85 % населения проживает в сельской местности, китайцев за пределами городов практически нет. В 1992 году уйгуры перешли к партизанским методам борьбы и терроризму. Так, в конце сентября 1992 года группа вооруженной молодежи разобрала в районе города Кумула железную дорогу, соединяющую СУАР с Китаем.
В апреле 1993 года на военной базе около города Турфана произошел взрыв, организованный уйгурскими террористами. С 15 по 20 мая того же года группа боевиков предприняла нападение на сооружения, принадлежащие ядерному полигону Лобнор. В середине июня 1993 года напротив гостиницы в Кашгаре взорвалась бомба — три человека погибли.
Ситуация на тот момент была очень опасна для КНР. По данным спецслужб в тот момент в Синьцзяне действовало около 30 подпольных групп и организаций («Искра Родины», «Лобнорские тигры» и другие). Наибольшую известность имеет Национальный революционный фронт Восточного Туркестана. Его основал в 1984 году Юсупбек Мухлиси, поставивший перед его членами главную задачу — создание независимого государства уйгуров.